×
劳伦斯·莱赫特;丹尼尔·弗考特伦（Daniel P.Vercauteren）。

蛋白质结构中的集体运动：基于电子密度分布的弹性网络模型的应用。 （英语） Zbl 1197.92017年9月

计算。物理学。公社。 179，编号1-3，171-180（2008）.
摘要：应用高斯网络模型（GNM）和各向异性网络模型（ANM）方法描述由平滑前分子电子密度（ED）分布函数构建的胰蛋白酶抑制剂蛋白图的动力学。选择特定的平滑度，将蛋白质结构清晰地划分为位于蛋白质骨架或侧链上的片段。对在特定平滑度下计算的ED最大值得出的结果进行第一组分析。对于蛋白质ED网络实现了第二组，其边缘由ED重叠积分值加权。将这些结果与应用于（Cα）原子网络的GNM、ANM和简正模分析方法获得的结果进行了比较。

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
92C05型 生物物理学
92立方厘米 系统生物学、网络
92立方厘米 生理学（一般）

关键词：

弹性网络模型;蛋白质动力学;电子密度;关键点;重叠积分;胰蛋白酶抑制剂

软件：

打开DX
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{L.Leherte}和\textit{D.P.Vercauteren}，计算。物理学。Commun公司。179，编号1-3171-180（2008年；兹bl 1197.92017）
全文： 内政部

参考文献：

[1] S.O.尼尔森。；Lopez，C.F。；斯里尼瓦斯，G。；克莱恩，M.L.，J.Phys。康登斯。Matter，16，R481（2004）
[2] 巴哈，I。；Atilgan，A.R。；埃尔曼，B.，Fold。设计。，2, 173 (1997)
[3] 蒂里昂，M.M.，物理学。修订稿。，77, 1905 (1996)
[4] 雷德·A·J。；切努霍特拉，Ch。；杨利伟。；Bahar，I.，（Cui，Q.；Bahar
[5] Dauber-O合著者，P。；Osguthorpe，D.J。；斯特恩，P.S。；Moult，J.和J.计算。物理。，151, 169 (1999) ·Zbl 0948.92003号
[6] 多鲁克，P。；Atilgan，A.R。；Bahar，I.，《蛋白质》，40，512（2000）
[7] 霍洛普，S.M。；塞伦斯明德，G。；路透社，N.，BMC生物信息学，6，52（2005）
[8] Hinsen，K。；彼得雷斯库，A.-J。；Dellerue，S。；Bellisent-Funel，M.-C。；Gerald，R.，化学。物理。，261, 25 (2000)
[9] Ming，D。；孔，Y。；Lambert，医学硕士。；黄，Z。；Ma，J.，程序。国家。阿卡德。科学。，99, 8620 (2002)
[10] Tama，F。；Wriggers，W。；Brooks，Ch.L.，J.《分子生物学》。，321, 297 (2002)
[11] 塔玛，F。；俄亥俄州宫下县。；Brooks，Ch.L.，J.《分子生物学》。，337, 985 (2004)
[12] 昆都，S。；梅尔顿，J.S。；索伦森特区。；菲利普斯，G.N.，《生物物理学》。J.，83，723（2002）
[13] 阿蒂尔根，A.R。；Akan，P。；Baysal，C.，《生物物理学》。J.，86，85（2004）
[14] 张，Z。；Shi，Y。；Liu，H.，《生物物理学》。J.，84，3583（2003）
[15] Kondrashov，D.A。；崔，Q。；菲利普斯，G.N.，《生物物理学》。J.，91，2760（2006）
[16] Atilgan，A.R。；杜雷尔，S.R。；Jernigan，R.L。；Demirel，M.C。；Keskin，O。；巴哈尔，I.，生物物理。J.，80，505（2001）
[17] Song，G。；Jernigan，R.L.，J.分子生物学。，369, 880 (2007)
[18] 阿马特·L。；Carbó-Dorca，R.，J.Chem。Inf.计算。科学。，40, 1188 (2000)
[19] Kostroicki，J。；皮埃拉，L。；Cherayil，B.J。；Scheraga，H.A.和J.Phys。化学。，951113（1991年）
[20] 梁，Y。；张建生。；Xu，Z.-B.，IEEE T.模式分析。，22, 1396 (2000)
[21] Leherte，L。；杜里，L。；Vercauteren，D.P.，物理杂志。化学。A、 1079875（2003）
[22] 杨利伟。；刘，X。；Jursa，Ch.J。；霍利曼，M。；雷德·A·J。；卡里米，H.A。；巴哈尔，I.，生物信息学，212978（2005）
[23] 埃亚尔，E。；杨利伟。；Bahar，I.，生物信息学，222619（2006）
[24] 曹志伟。；薛，Y。；Han，L.Y。；谢，B。；周，H。；郑长杰。；Lin，H.H。；陈永忠，《核酸研究》，32，W679（2004）
[25] 苏赫里，K。；Sanejouand，Y.-H.，《核酸研究》，32，W610（2004）
[26] 亚历山德罗夫五世。；Lehnert，U。；Echols，N。；米尔伯恩博士。；Engelman，D。；Gerstein，M.，教授。科学。，14, 633 (2005)
[27] 加佐，J.I。；Kovacs，J。；阿巴扬，R。；Chacón，P.，生物信息学，23901（2007）
[28] 伯曼，H.M。；韦斯特布鲁克，J。；Z.Feng。；Gilliland，G。；Bhat，T.N。；魏西格，H。；Shindyalov，I.N。；伯恩，P.E.，《核酸研究》，28，235（2000）
[29] Leherte，L.，《晶体学报》。D、 60、1254（2004）
[30] Leherte，L。；Vercauteren，D.P.，J.计算。化学。(2008)
[31] 布鲁克斯，B。；Karplus，M.，程序。国家。阿卡德。科学。美国，806571（1983）
[32] MacKerell，A.D。；Bashford，D。；贝洛特，M。；Dunbrack，R.L。；Evanseck，法学博士。；菲尔德，M.J。；费舍尔，S。；高杰。；郭，H。；哈，S。；约瑟夫·麦卡锡，D。；库什尼尔，L。；库泽拉，K。；Lau，F.T.K。；马托斯，C。；米奇纳克，S。；Ngo，T。；Nguyen，D.T。；普罗霍姆，B。；Reiher，W.E。；鲁克斯，B。；施伦克里奇，M。；J.C.史密斯。；斯托特，R。；斯特劳布，J。；渡边，M。；Wiórkiewicz-Kuczera，J。；尹，D。；Karplus，M.和J.Phys。化学。B、 1023586（1998）
[33] 莱维特，M。；桑德，Ch。；Stern，P.S.，J.分子生物学。，181, 423 (1985)
[34] Gilbert，D.G.，Phylodendron绘制系统发生树，0.8d版（1996），印第安纳大学：印第安纳大学布鲁明顿分校
[35] OpenDX，基于IBM可视化数据浏览器、可视化和图像解决方案公司的开源软件项目。http://www.opendx.org/index2.php; OpenDX，基于IBM可视化数据浏览器、可视化和图像解决方案公司的开源软件项目。http://www.opendx.org/index2.php
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。