卢卡·卡德利;吉安路易吉·扎瓦塔罗 生物化学的计算能力。 （英语） 兹比尔1171.92318 Horimoto，Katsuhisa（编辑）等人，代数生物学。2008年7月31日至8月2日，第三届国际会议，AB 2008，奥地利哈根堡城堡。诉讼程序。柏林：施普林格出版社（ISBN 978-3-540-85100-4/pbk）。计算机科学讲义5147，65-80（2008）。 摘要：我们探索了生物化学在基础化学方面的计算能力，将络合确定为区分前者和后者的基本机制。我们使用了两个过程代数，化学基形式（CGF），它等价于基本化学，生化基形式（BGF），是CGF的极小扩张，具有用于络合的基元。我们描述了一个表达缺口：CGF不是图灵完备的，而BGF支持随机存取机器的有限精确编码，这是一种著名的图灵强大的形式主义。关于整个系列，请参见[Zbl 1154.92002年]. 引用于13文件 MSC公司： 92C40型 生物化学、分子生物学 2005年第68季度 计算模型（图灵机等）（MSC2010） 92-08 生物学相关问题的计算方法 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{L.Cardelli}和\textit{G.Zavataro}，莱克特。注释计算。科学。5147，65-80（2008；Zbl 1171.92318） 全文： 内政部 参考文献： [1] 北布西。；Gorrieri，R。；Priami，C。；Plotkin，G.，《关于Brane Calculi的计算能力》，《计算系统生物学学报》第六期，16-43页（2006年），海德堡：斯普林格出版社·doi:10.1007/11880646_2 [2] Cardelli，L.：人工生物化学。In：程序。算法生物过程。LNCS（将于2008年出现），http://lucacardeli.name（网址） ·Zbl 1171.92318号 [3] Cardelli，L.：《加工速率语义学》。理论计算机科学（2008年出版），doi:10.1016/j.tcs.2007.11.012·Zbl 1133.68054号 [4] Cardelli，L.，Pradalier，S.：膜与复合物相遇的地方。In：程序。《分子生物学并发模型》（BioConcur.2005）（2005） [5] Credi，A。；Garavelli，M。；Laneve，C。；Pradalier，S。；Silvi，S。；扎瓦塔罗，G。；考尔德，M。；Gilmore，S.，《纳米卡帕微积分中纳米器件的建模与仿真》，系统生物学中的计算方法，168-183（2007），海德堡：斯普林格，海德伯格·doi:10.1007/978-3-540-75140-3_12 [6] Danos，V.，Feret，J.，Fontana，W.，Krivine，J.：卡帕工厂（2007），http://www.lix.polytechnique.fr/克里文/kappaFactory.html [7] 达诺斯，V。；Laneve，C.，形式分子生物学，理论计算机科学，325，1，69-110（2004）·Zbl 1071.68041号 ·doi:10.1016/j.tcs.2004.03.065 [8] H.北野。；Funahashi，A。；松冈，Y。；Oda，K.，《使用过程图表示生物网络》，《自然生物技术》，23961-966（2005）·doi:10.1038/nbt1111 [9] 科恩，K.W。；马里兰州阿拉津。；韦恩斯坦，J.N。；Pommier，Y.，《生物调控网络的分子相互作用图：系统生物学的一般准则》，《细胞的分子生物学》，17，1，1-13（2006）·doi:10.1091/mbc。E05-09-0824号 [10] Liekens，A.M.L。；费尔南多，C.T。；Almeida e.Costa，F。；罗查，L.M。；科斯塔，E。；I.哈维。；Coutinho，A.，图灵完全催化粒子计算机，《人工生命进展》，1202-1211（2007），海德堡：施普林格，海德堡·doi:10.1007/978-3-540-74913-4_120 [11] Magnasco，M.O.，《化学动力学图灵环球》，《物理评论快报》，781190-1193（1997）·doi:10.1103/PhysRevLett.78.1190 [12] McQuarrie，D.A.，化学动力学的随机方法，应用概率杂志，4413-478（1967）·Zbl 0231.60090号 ·doi:10.2307/3212214 [13] Milner，R.，《沟通与并发》（1989），《恩格伍德悬崖：普伦蒂斯·霍尔》，恩格伍德崖·Zbl 0683.68008号 [14] Minsky，M.L.，《计算：有限和无限机器》（1967），恩格伍德悬崖：普伦蒂斯·霍尔，恩格伍德·悬崖·Zbl 0195.02402号 [15] Priami，C。；夸里亚，P。；达诺斯，V。；Schachter，V.，《生物相互作用的β结合物，系统生物学中的计算方法》，20-33（2005），海德堡：施普林格·Zbl 1088.68646号 [16] Priami，C。；雷格夫，A。；夏皮罗，E。；Silverman，W.，《随机命名演算在分子过程表示和模拟中的应用》，《信息处理快报》，80，25-31（2001）·兹比尔0997.92018 ·doi:10.1016/S0020-0190（01）00214-9 [17] Soloveichik，D.，Cook，M.，Winfree，E.，Bruck，J.：有限随机化学反应网络的计算。自然计算（出版，2008），doi:10.1007/s11047-008-9067-y·Zbl 1187.68220号 [18] Zavattaro，G.，Cardelli，L.：化学动力学中的终止问题（2008），http://lucacardeli.name（网址） ·Zbl 1160.68478号 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。