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算法代数模型检查。二: 半代数模型检验的可判定性及其在系统生物学中的应用。 (英语) Zbl 1170.68523号

Peled,Doron A.(编辑)等人,《验证和分析自动化技术》。2005年10月4日至7日,第三届国际研讨会,ATVA 2005,台湾台北。诉讼程序。柏林:施普林格出版社(ISBN 3-540-29209-8/pbk)。计算机科学课堂讲稿3707,217-233(2005)。
摘要:由于系统生物学的应用,以及半代数混合系统作为生物化学网络建模的自然框架的出现,我们继续探索在这类广泛的半代数杂交系统上使用TCTL(Timed Computation Tree Logic,时间计算树逻辑)进行模型检查的可判定性问题。以前[C.广场等,“算法代数模型检查。I:来自系统生物学的挑战”,Lect。票据计算。科学。3576, 5–19 (2005;Zbl 1081.68056号)],我们引入了这些模型,证明了与系统生物学目标的密切联系。然而,我们只开发了有界可达性的技术,认为这种方法在大多数生物应用中是充分的。在这里,我们提出了一种半可判定的符号代数密集时间TCTL模型检查算法,它满足两个理想的性质:它可以从符号描述中自动推导出来,并且它扩展到并推广了其他版本的时间逻辑。该方法核心的主要数学工具是Tarski-Collins在每个不动点迭代中使用的实量词消除,其高复杂性是其不幸局限性的关键。连同这些结果,我们在Blum、Shub和Smale的更强大的“真实”图灵机形式中证明了这个问题的不可判定性。然后,我们在Delta-Notch示例中演示了模型检查器Tolque的初步版本。
关于整个系列,请参见[Zbl 1089.68013号].

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第68季度第60季度 规范和验证(程序逻辑、模型检查等)
92B05型 普通生物学和生物数学
92C40型 生物化学、分子生物学

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全文: 内政部