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亨利克·皮利加德;弗莱明·尼尔森;尼尔森、汉内·里斯

BioAmbients的路径分析。 （英语） Zbl 1147.92002号

J.日志。阿尔盖布。程序。 77，编号1-2，92-130（2008）.
摘要：系统生物学旨在全面了解生物过程。为了使这种理解具有可操作性和可测试性，可以将其记录到正式的过程演算模型中。然而，这是一项困难的任务，因为这样的形式化模型及其结果（通常是无限多的）很难枚举和理解。我们基于编程语言中的静态分析技术定义了路径分析，并说明了如何使用它来建立对模型因果结果集有用的有限近似。路径分析可以在建模方法的所有阶段发挥巨大的优势，它是模型开发期间调试、模型验证期间后置以及模型引导药物设计期间预测的基础。

引用于11文件

MSC公司：

92B05型 普通生物学和生物数学
第68季度10 计算模式（非确定性、并行、交互式、概率性等）
68问题85 并发和分布式计算的模型和方法（进程代数、互模拟、转换网等）
92立方厘米 系统生物学、网络

关键词：

静态分析;通路分析;流动逻辑;单调框架;控制流分析;数据流分析;进程演算;生物环境;系统生物学;低密度脂蛋白降解途径

软件：

简洁;斯皮科;政治公众人物协议
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{H.Pilegaard}等人，J.Log。阿尔盖布。程序。77，编号1--2，92-130（2008；Zbl 1147.92002）
全文： 内政部

参考文献：

[1] 布鲁斯·艾伯茨（Bruce Alberts）；亚历山大·约翰逊（Alexander Johnson）；朱利安·刘易斯（Julian Lewis）；马丁·拉夫（Martin Raff）；基思·罗伯茨（Keith Roberts）；Walter，Peter，《细胞分子生物学》（2002），《加兰科学》
[2] 杰拉德·贝里（Gerard Berry）；杰拉德·博多尔，《化学文摘机》（POPL'90:第17届ACM SIGPLAN-SIGACT编程语言原理研讨会论文集（1990），ACM出版社：美国纽约州纽约市ACM出版社），81-94·Zbl 0747.68013号
[3] 罗夫·布洛西；卢卡·卡德利；安德鲁·菲利普斯（Andrew Phillips），基因网络随机动力学的合成方法。计算。系统。生物学，3939，99-122（2006）·Zbl 1179.92021号
[4] 卡德尔，莫菲；斯蒂芬·吉尔摩（Stephen Gilmore）；Hillston，Jane，使用随机过程代数PEPA模拟RKIP对ERK信号通路的影响，（计算系统生物学学报VII.计算系统生物学杂志VII，计算机科学讲义，第4230卷（2006），Springer），1-23
[5] 卢卡·卡德利（Luca Cardelli），《生物软件语言》（Herbert，Andrew；Jones，Karen S.），《计算机系统：理论、技术和应用——向罗杰·李约瑟致敬》（Computer Systems:Theory，Technology，and Applications-A Tribute to Roger Needham，Monographs in Computer Science（2004），斯普林格出版社），第59-65页
[6] Cardelli，Luca，Brane calculi，（Danos，Vincent；Schachter，Vincent.，《系统生物学中的计算方法》（CMSB'04）。系统生物学中的计算方法（CMSB'04），《计算机科学讲义》，第3082卷（2005），施普林格出版社，257-280·Zbl 1088.68657号
[7] 卢卡·卡德利；Andrew D.Gordon，《移动环境》，Theor。计算。科学。，240, 1, 177-213 (2000) ·Zbl 0954.68108号
[8] 马克·奇瓦里尼（Marc Chiaverini）；Vincent Danos，《工作分子生物学家的核心建模语言》（CMSB'03 Proc.）。程序。CMSB'03，计算机科学讲义，第2602卷（2003），Springer），166·Zbl 1112.92313号
[9] 埃德蒙·克拉克（Edmund M.Clarke）。；Orna Grumberg；Peled，Doron A.，《模型检验》（2000），麻省理工学院出版社
[10] 文森特·达诺斯；Laneve，Cosimo，核心形式分子生物学，（欧洲编程研讨会（ESOP03）。欧洲编程研讨会（ESOP03），《计算机科学讲义》，第2618卷（2004年），施普林格）·Zbl 1033.92013年
[11] 文森特·达诺斯；拉内夫，科西莫，《形式分子生物学》，西奥。计算。科学。，325, 1, 69-110 (2004) ·Zbl 1071.68041号
[12] Vincent Danos，Sylvain Pradalier。投影膜演算，摘自：《系统生物学计算方法学报》（CMSB'04），2004年。；Vincent Danos，Sylvain Pradalier。投影膜演算，摘自：《系统生物学计算方法学报》（CMSB'04），2004年·兹比尔1088.68659
[13] 苏雷什·贾甘纳森；Stephen Weeks，《用高阶语言统一处理流分析》（POPL'95:第22届ACM SIGPLAN-SIGACT编程语言原理研讨会论文集（1995），ACM出版社：美国纽约州纽约市ACM出版社），393-407
[14] Naaman Kam；戴维·哈雷尔（David Harel）；希勒尔·库格勒；拉米·马雷利；阿米尔·普努利；哈伯德，E.简·阿尔伯特；Stern，Michael J.，《线虫发育的形式化建模：基于场景的方法》（CMSB 2003年会议记录）。CMSB 2003年会议录，计算机科学讲义，第2602卷（2003），Springer），4-20·Zbl 1053.92034号
[15] Kaneko，Kunihiko，《生命：复杂系统生物学导论（理解复杂系统）》（2006），Springer-Verlag纽约公司：Springer-Verlag纽约有限公司，美国新泽西州Secaucus·Zbl 1142.92001
[16] 平崎北野，《系统生物学：简要概述》，《科学》，29555601662-1664（2002）
[17] 塞琳·库特勒。利用并发对象在随机pi-calculus中模拟细菌基因表达，里尔大学博士论文，2007年1月。；塞琳·库特勒。里尔大学2007年1月博士论文《利用并行对象在随机像素中模拟细菌基因表达》。
[18] 弗朗西丝卡·列维；Sangiorgi，Davide，移动安全环境，ACM编程语言与系统汇刊（TOPLAS'03），25，1，1-69（2003）
[19] 哈维·洛迪什；阿诺德·伯克；Zipursky，S.Lawrence；保罗·松代拉；大卫·巴尔的摩；Darnell，James E.，《分子细胞生物学》（1999），W.H.Freeman and Company，图24，经出版商许可再版
[20] 罗宾·米尔纳（Milner，Robin），《通信与并发》（1989），普伦蒂斯·霍尔公司：普伦蒂斯霍尔公司，美国新泽西州上鞍河·Zbl 0683.68008号
[21] 罗宾·米尔纳，《通信和移动系统：（π）-微积分》（1999），剑桥大学出版社·Zbl 0942.68002号
[22] 尼尔森，弗莱明；Nielson，Hanne Riis，Flow Logic:一种静态分析的多范式方法，（计算的本质：复杂性，分析，转换。计算的本质：复杂性，分析，转换，计算机科学讲义，第2566卷（2002），施普林格），223-244·Zbl 1026.68029号
[23] 尼尔森，弗莱明；尼尔森、汉内·里斯；克里斯·汉金（Chris Hankin），《程序分析原理》（Principles of Program Analysis）（1999），斯普林格出版社·Zbl 0932.68013号
[24] 尼尔森，弗莱明；尼尔森、汉内·里斯；Pilegaard，Henrik，进程代数中的自由名称是什么？，通知。过程。莱特。，103, 5, 188-194 (2007) ·Zbl 1184.68346号
[25] 弗莱明·尼尔森、汉娜·里斯·尼尔森、科拉多·普里阿米、黛博拉·达·罗莎。生物环境的控制流分析，摘自：《分子生物学并发模型第一次研讨会论文集》（BioConcur 2003），《理论计算机科学电子笔记》，第180卷，2007年，第65-79页。；弗莱明·尼尔森、汉娜·里斯·尼尔森、科拉多·普里阿米、黛博拉·达·罗莎。《生物环境的控制流分析》，载：《分子生物学并发模型第一次研讨会论文集》（BioConcur 2003），《理论计算机科学电子笔记》，第180卷，2007年，第65-79页。
[26] 尼尔森，弗莱明；尼尔森、汉内·里斯；Seidl，Helmuth，ALFP简明求解器，北欧计算机杂志。，9, 335-372 (2002) ·Zbl 1088.68774号
[27] 尼尔森，弗莱明；尼尔森、汉内·里斯；孙红燕；米凯尔·巴赫霍尔茨（Mikael Buchholtz）；Hansen，RenéRydhof；亨利克·皮利加德（Henrik Pilegaard）；Seidl，Helmuth，简洁求解器套件，（系统构建和分析的工具和算法（TACAS'04）。系统构建和分析的工具和算法（TACAS'04），计算机科学讲稿，第2988卷（2004），施普林格出版社，251-265·Zbl 1126.68354号
[28] Hanne Riis Nielson、Flemming Nielson，《无限控制流分析：闭包分析的收集语义》，收录于：POPL’1997：第24届ACM SIGPLAN-SIGACT编程语言原理研讨会论文集，1997年，第332-345页。；Hanne Riis Nielson、Flemming Nielson，《无限控制流分析：闭包分析的收集语义》，收录于：POPL’1997：第24届ACM SIGPLAN-SIGACT编程语言原理研讨会论文集，1997年，第332-345页·Zbl 0925.68293号
[29] 尼尔森、汉内·里斯；尼尔森，弗莱明，基于约束分析的流逻辑，（第七届编译器构造国际会议（CC'98）。第七届编译器构造国际会议（CC'98），计算机科学讲义，第1383卷（1998），施普林格出版社，109-127·Zbl 1149.68361号
[30] 尼尔森、汉内·里斯；Nielson，Flemming，CCS数据流分析，（Reps，Thomas；Sagiv，Mooly，Festschrift for Reinhard Wilhelm。Festschricf for Reinhard Wilhelm.，计算机科学讲稿，第4444卷（2006），Springer）·Zbl 1149.68361号
[31] 尼尔森、汉内·里斯；尼尔森，弗莱明，CCS的单调框架，计算。语言系统。结构。（2008），（修订中）·Zbl 1147.92002号
[32] 汉内·里斯·尼尔森、弗莱明·尼尔森、亨利克·皮利加德。《生物环境的空间分析》，载于：SAS’04 11，《计算机科学讲义》，第3148卷，2004年，第69-83页。；汉内·里斯·尼尔森、弗莱明·尼尔森、亨利克·皮利加德。《生物环境的空间分析》，载于：SAS’04 11，《计算机科学讲义》，第3148卷，2004年，第69-83页·Zbl 1104.68420号
[33] Henrik Pilegaard，《基于语言的系统生物学技术》，博士论文，丹麦技术大学，2007年。；Henrik Pilegaard，系统生物学的基于语言的技术，博士论文，丹麦技术大学，2007年。
[34] 亨利克·皮利加德（Henrik Pilegaard）；尼尔森，弗莱明；Nielson，H.R.，LDL降解途径模型的静态分析，（Plotkin，Gordon D.，《系统生物学中的计算方法》（CMSB'05）（2005），爱丁堡大学）·Zbl 1147.92002号
[35] Henrik Pilegaard、Flemming Nielson、Hanne Riis Nielson，生物环境的上下文相关分析，摘自：Francesco Ranzato（Ed.），第一届抽象解释新兴应用国际研讨会论文集，2006年。；Henrik Pilegaard、Flemming Nielson、Hanne Riis Nielson，生物环境的上下文相关分析，摘自：Francesco Ranzato（Ed.），第一届抽象解释新兴应用国际研讨会论文集，2006年。
[36] 科拉多·普里亚米；Quaglia，Paola，生物相互作用的β结合物，（系统生物学中的计算方法（CMSB'04）。《系统生物学中的计算方法》（CMSB'04），《生物信息学讲义》（2004），施普林格出版社）·Zbl 1088.68646号
[37] 科拉多·普里亚米；阿维夫·雷格夫；埃胡德·夏皮罗；William Silvermann，《随机命名演算在分子过程表示和模拟中的应用》，Inform。过程。莱特。，80, 1, 25-31 (2001) ·Zbl 0997.92018号
[38] Aviv Regev，《计算系统生物学：生物分子知识的微积分》，特拉维夫大学博士论文，2003年。；Aviv Regev，计算系统生物学：生物分子知识微积分，特拉维夫大学博士论文，2003年。
[39] 阿维夫·雷格夫；叶卡捷琳娜·帕尼娜（Ekaterina M.Panina）。；威廉·西尔弗曼（William Silverman）；卢卡·卡德利；夏皮罗，埃胡德，《生物环境：生物隔间的抽象》，Theor。计算。科学。，325, 1, 141-167 (2004) ·Zbl 1069.68569号
[40] Aviv Regev，William Silverman，Ehud Shapiro，使用Π;-微积分过程代数，收录于：太平洋生物计算研讨会论文集（PSB 2001），2001年，第459-470页。；Aviv Regev、William Silverman、Ehud Shapiro，使用Π;-微积分过程代数，收录于：《太平洋生物计算研讨会论文集》（PSB 2001），2001年，第459-470页。
[41] Shivers，Olin，《方案中的控制流分析》（PLDI’88：1988年ACM SIGPLAN编程语言设计与实现会议论文集（1988），ACM出版社：美国纽约州纽约市ACM出版社），164-174·Zbl 1302.68072号
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