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系统生物学的随机建模。 (英语) Zbl 1099.92004号

Chapman&Hall/CRC数学生物学和医学系列。佛罗里达州博卡拉顿:查普曼和霍尔/CRC(ISBN 1-5848-540-8/hbk)。第二十二章,第254页。(2006年)。
本书旨在总结系统生物学所需的理论基础,如随机数值、图论和计算机科学,并展示一些建模化学和生物化学系统的应用。第1章简要介绍了生物建模,并简要讨论了确定性与随机性方法。这本书的重点是建立遗传和生物化学网络的模型。第二章讨论了生化网络在Petri网中的图形表示。介绍了系统生物学标记语言(SBML),该语言正在成为系统生物学模型电子表示的通用语言。在第3章中,基本概率理论总结了45页。第4章介绍了众所周知的随机模拟技术,并在R中给出了它们的实现示例。第5章给出了马尔可夫过程的简短概要,介绍了有限离散时间马尔可夫链、具有连续状态空间和连续时间的马尔可夫链条以及扩散过程。
从第6章开始,本书集中于专门为系统生物学定制的模型。第6章简要总结了化学和生物化学动力学的一些确定性和随机模型。第7章在几个案例研究中简要说明了迄今为止发展的理论如何应用于说明性示例。第8章讨论了随机模型模拟的计算方面,并展示了离散事件模拟方法的替代方法。第9章集中于使用贝叶斯方法对模型参数进行统计推断。一页的结论章节和包含SBML文档示例的附录完成了本书。参考文献提供了作者的个人网页,其中提供了一些附加信息,特别是链接和计算机程序。超过一半的卷汇编了标准教科书中可以找到的著名材料,因此,专门讨论系统生物学问题的材料数量受到了限制。
总之,它是一本自足的教科书,对教授计算系统生物学课程很有用。

MSC公司:

92B05型 普通生物学和生物数学
92C40型 生物化学、分子生物学
2001年2月 与生物学有关的介绍性说明(教科书、辅导论文等)
60J20型 马尔可夫链和离散时间马尔可夫过程在一般状态空间(社会流动、学习理论、工业过程等)上的应用

软件:

R(右)
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