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用于生物化学网络建模和分析的时间Petri网。 (英语) Zbl 1096.68110号

摘要:生物化学网络是在不同的抽象层次上建模的。基本上,可以区分定性和定量模型,这通常被视为单独的模型。在本文中,我们弥合了定性模型和定量模型之间的差距,并将时间Petri网应用于分子生物系统的建模和分析。我们演示了如何从潜在的定性模型开始,以系统的方式开发生化网络的定量模型。为此,我们利用了转移不变量的成熟结构Petri网分析技术,这可以解释为系统稳态行为的特征。为了分析导出的定量模型(以时间Petri网给出),我们提出了确定转移序列的时间相关可实现性并计算其最短和最长时间长度的结构技术。所演示方法的所有步骤都考虑整数线性不等式系统。关键点是完全避免任何状态空间的构建。因此,所提出的技术也可以应用于无限系统,即无界Petri网。

MSC公司:

68问题85 并发和分布式计算的模型和方法(进程代数、互模拟、转换网等)
92C40型 生物化学、分子生物学

关键词:

无界Petri网

软件:

电子电话
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