亚历山大·博文(Alexandre M.J.J.Bonvin)。;马克,艾伦·E。;范甘斯特伦,威尔弗雷德·F·。 GROMOS96分子模拟基准。 (英语) Zbl 0969.92015年 计算。物理学。Commun公司。 128,第3期,550-557(2000). 摘要:提出了一套生物分子系统,可用于对模拟程序和计算机的性能进行基准测试。它使用GROMOS96生物分子模拟软件应用于各种计算机。研究了计算时间与若干模型和计算参数的关系。与标准程序相比,用于选择非键相互作用对和长程相互作用的扩展对列表技术可以将效率提高1.5到3倍。基准结果可用于估计模拟研究所需的计算机时间,并评估各种计算机在分子模拟方面的效率。 MSC公司: 92C40型 生物化学、分子生物学 92-08 生物问题的计算方法 68岁20岁 模拟(MSC2010) 关键词:分子动力学;切口;扩展对;非键相互作用对 软件:GROMOS公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{A.M.J.J.Bonvin}等人,计算。物理学。Commun公司。128,第3号,550--557(2000;Zbl 0969.92015) 全文: 内政部