Lee，Jooyoung先生;雅罗斯·皮拉迪;塞萨里·查普列夫斯基;叶琳娜·阿诺托娃;丹尼尔·里波尔（Daniel R.Ripoll）。;亚当·利沃;Kenneth D.吉布森。;Ryszard J.瓦瓦克。;哈罗德·谢拉加（Harold A.Scheraga）。 肽、蛋白质和晶体势能函数全局优化的高效并行算法。 （英语） Zbl 0953.92003号 计算。物理学。Commun公司。 128，第1-2号，399-411（2000）. 摘要：全球优化在物理、化学和生物物理化学中发挥着越来越大的作用。全局优化最重要的应用之一是找到分子或分子组装体（如晶体）的势能的全局极小值。这个问题的解决通常需要大量的计算工作。即使是可用的最快处理器也不足以实时进行此类计算，以解决真正感兴趣的问题，例如蛋白质和晶体结构预测。解决这个问题的一种方法是利用大规模并行计算。我们提供了几个在我们实验室开发的全局优化算法的并行实现示例。所有这些示例都遵循主/辅方法。大多数方法都是在算法（粗粒度）级别上并行化的，并给出了一个细粒度并行的例子，其中函数求值本身的计算开销很大。所有并行算法最初都是在IBM/SP2（分布式内存）机器上实现的。然而，在所有情况下，消息传递都是通过标准的消息传递接口（MPI）来处理的；因此，这些算法也可以在运行MPI的任何分布式或共享内存系统上实现。讨论了这些实现的效率。 引用于5文件 MSC公司： 92C05型 生物物理学 2005年5月 并行数值计算 92-08 生物学问题的计算方法 65千5 数值数学规划方法 92C40型 生物化学、分子生物学 关键词：遗传算法;蒙特卡罗方法;并行算法;蛋白质结构预测;全局优化;晶体结构预测 软件：算法611 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{J.Lee}等人，计算。物理学。Commun公司。128，编号1-2399-411（2000年；兹bl 0953.92003） 全文： DOI程序