克里斯·塔夫利;钢铁，迈克 在一个简单的站点替换模型下，最大似然和最大简约之间的联系。 （英语） 兹伯利0933.62118 牛市。数学。生物。 59，第3期，581-607（1997）. 本文讨论了从遗传序列数据推断系统发育树的问题。比较了两种标准的树重建方法：最大似然法最大化观测数据集的某个似然函数，以及最大简约法最小化解释当前物种数据所需的突变总数。在一个称为完全对称模型的简单核苷酸替换过程的假设下，证明了最大似然和最大简约在系统发育树的选择和任何给定树上祖先状态的重建中是等价的。其中一些结果将早期的结果从两个状态推广到任意数量的状态。审核人：G.Karigl（维也纳） 引用于2评论引用于17文件 MSC公司： 62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析 92D15型 与进化有关的问题 关键词：系统发育树;最大似然;最大节俭 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{C.Tuffley}和\textit{M.Steel}，公牛。数学。生物学59，第3期，581--607（1997；Zbl 0933.62118） 全文： 内政部 参考文献： [1] Cavender，J.A.，《分类学与信心》，《数学生物学》。，40, 270-280 (1978) ·Zbl 0391.92015号 [2] Chang，J.T.，当不同字符的替换率不同时，进化树拓扑重建方法的不一致性，数学生物科学。，134, 189-215 (1996) ·Zbl 0847.92012号 ·doi:10.1016/0025-5564（95）00172-7 [3] 爱德华兹，A.W.F.，《可能性》（1972），剑桥：剑桥大学出版社，剑桥·Zbl 0833.62004号 [4] Erdős，P.L。；Székely，L.A.，计算双色进化树，离散应用。数学。，47, 1-8 (1993) ·Zbl 0791.05056号 ·doi:10.1016/0166-218X（93）90147-G [5] Erdős，P.L。；Székely，L.A.，《关于树的加权多重切割》，《数学规划》，65，93-105（1994）·Zbl 0805.05016号 ·doi:10.1007/BF01581691 [6] Farris，J.S.，推断进化树的概率模型，系统动物学，22250-256（1973）·doi:10.2307/2412305 [7] Felsenstein，J.，《节俭或兼容性会产生积极误导的案例》，《系统动物学》，第27期，第401-410页（1978年）·doi:10.2307/2412923 [8] Felsenstein，J.，《字符加权的似然方法及其对简约性和兼容性的影响》，《生物学J.Linnean Soc.》，第16期，第183-196页（1981年） [9] Fitch，W.M.，朝向定义进化过程：特定树状拓扑的最小变化，系统动物学，20406-416（1971）·doi:10.2307/2412116 [10] Fukami，K。；Tateno，Y.，《关于估计分子树的最大似然方法：似然点的唯一性》，《分子进化杂志》，28，460-464（1989） [11] Goldman，N.，系统发育树的最大似然推断，特别参考DNA替代的泊松过程模型和简约分析，系统动物学，39，345-361（1990）·doi:10.2307/2992355 [12] Harary，F.，图论。数学系列（1969），阅读，马萨诸塞州：Addison-Wesley，阅读，MA·Zbl 0182.57702号 [13] 亨迪，医学博士。；Penny，D.，进化树定性研究框架，系统动物学，38，297-309（1989）·doi:10.2307/2992396 [14] Jukes，T.H。；康托，C.R。；Munro，H.N.，蛋白质分子的进化，哺乳动物蛋白质代谢，21-132（1969），纽约：学术出版社，纽约 [15] 洛克哈特，P.J。；Larkum，A.W.D。；钢铁硕士。；Waddell，P.J。；Penny，D.，《叶绿素和细菌叶绿素的进化：序列分析中的不变位点问题》，Proc。国家。阿卡德。科学。美国，931930-1934（1996）·doi:10.1073/pnas.93.5.1930 [16] Maddison，W.P.，计算在系统发育树上通过简约重构的祖先状态的概率分布，系统生物学。，44, 474-481 (1995) ·doi:10.2307/2413655 [17] 内曼，J。；Gupta，S.S。；Yackel，J.，《进化的分子研究：新统计问题的来源》，统计决策理论及相关主题，1-27（1971），纽约：学术出版社，纽约·Zbl 0231.62010号 [18] Penny，D。；洛克哈特，P.J。；钢铁硕士。；亨迪，医学博士。；苏格兰，R.W。；Siebert，D.J。；Williams，D.M.，《模型在重建进化树中的作用》，《系统发育重建中的模型》，211-230（1994），牛津：克拉伦登出版社，牛津 [19] Steel，M.A.，叶色二叉树的分解，应用进展。数学。，14, 1-24 (1993) ·兹比尔0777.05047 ·doi:10.1006/aama.1993.1001 [20] Steel，M.A.，由简约原理产生的双色二叉树上的分布，离散应用。数学。，41, 245-261 (1993) ·Zbl 0777.05046号 ·doi:10.1016/0166-218X（90）90058-K [21] Steel，M.A.，系统发育树的最大似然点并不是唯一的，《系统生物学》。，43, 560-564 (1994) ·doi:10.2307/2413552 [22] Swofford，D.L.、G.J.Olsen、P.J.Waddell和D.M.Hillis。1996.系统发育推断。《分子系统学》，第二版，D.M.Hillis、C.Moritz和B.K.Marble（编辑），第11章，第407-514页。Sinauer Associates公司。 [23] Tillier，E.R.M.，多参数替代模型的最大似然，《分子进化杂志》，39，409-417（1994）·doi:10.1007/BF00160273 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。