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D.古斯菲尔德。；Balasubramanian，K。；D.纳尔。

序列比对的参数优化。 （英语） 兹比尔0802.92016

算法 12，编号4-5，312-326（1994）.
摘要：对于给定的权重集，两个DNA或氨基酸序列之间的最优比对或加权最小编辑距离是通过经典的动态规划技术计算的，在分子生物学中得到了广泛的应用。然而，在DNA和氨基酸序列中，对于如何对匹配、错配、插入/删除（indels或spaces）和间隙进行加权，存在着相当大的分歧。参数序列比对是将两个序列之间的最优值比对计算为匹配、不匹配、空间和间隙的可变权重函数的问题。目标是将参数空间划分为多个区域（这些区域必须是凸的），使得在每个区域中，一个排列是最优的，并且使得区域对于该性质是最大的。
在本文中，我们主要关注该凸分解的结构，其次是计算该分解的复杂性。最显著的结果如下：对于只计算匹配、不匹配和空格的特殊情况，以及在整个对齐过程中计算空格的情况，我们表明分解非常简单：所有区域都是无限的；最多有（n^{2/3}）个区域；约束区域的线的形式都是\（\beta=c+（c+0.5）\alpha\）；整个分解可以在\（O（knm）\）时间内找到，其中\（k\）是区域的实际数量，\（n<m\）是两个字符串的长度。这些结果是在实现参数序列分析的大型软件包时发现的，反过来也导致了这些任务的更快算法。

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MSC公司：

92D20型 蛋白质序列，DNA序列
90 C90 数学规划的应用
92-08 生物学问题的计算方法
90C60型 数学规划问题的抽象计算复杂性

关键词：

参数序列比对；最佳序列比对；序列同源性；全球一致性；局部对齐；计算机程序PARAL；DNA序列；加权最小编辑距离；氨基酸序列；动态规划；可变重量；比赛；不匹配；空格；间隙；凸分解
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{D.Gusfield}等人，Algorithmica 12，No.4--5，312--326（1994；Zbl 0802.92016）
全文： 内政部

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