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通过下降估计身份共享的马尔可夫跳跃过程。 (英语) Zbl 1480.60215号

摘要:按血统鉴定(IBD)共享是群体遗传学中一个非常重要的基因组特征,可以用来重建最近的人口统计学历史。在本文中,我们提供了一个框架来估计一个称为带有迁移的两种群模型的人口统计学模型的IBD共享。我们采用结构化合并理论,并使用连续时间马尔可夫跳过程({(X(t),t\geq0})来描述该模型中的谱系过程。然后,我们应用Kolmogorov反向方程计算合并时间的分布,并建立了一个估计IBD共享的公式。仿真研究表明,我们的方法估计该人口模型的IBD共享是稳健和准确的。

MSC公司:

60J27型 离散状态空间上的连续时间马尔可夫过程
60J20型 马尔可夫链和离散时间马尔可夫过程在一般状态空间(社会流动性、学习理论、工业过程等)上的应用
92D10型 遗传学和表观遗传学
60J90型 凝聚过程
60J74型 离散状态空间上的跳跃过程
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部

参考文献:

[1] 勃朗宁,BL;Browning,SR,《一种通过血统检测身份的快速、有效方法》,《美国遗传学杂志》。,88, 2, 173-182 (2011) ·doi:10.1016/j.ajhg.2011.01.010
[2] 勃朗宁,SR;Browning,BL,《根据后代的同一性片段对近期有效种群规模的精确非参数估计》,美国遗传学杂志。,97, 3, 404-418 (2015) ·doi:10.1016/j.ajhg.2015.07.012
[3] 勃朗宁,SR;Browning,BL,通过血统在无关个体中进行身份的高分辨率检测,美国遗传学杂志。,86, 4, 526-539 (2010) ·doi:10.1016/j.ajhg.2010.02.021
[4] Durrett,R.DNA序列进化的概率模型。施普林格科学与商业媒体,2008·Zbl 1311.92007年
[5] Feller,W.概率论导论,第一卷,第二卷。约翰·威利父子,1968年·Zbl 0155.23101号
[6] Gusev,A.,《全人群,隐相关的全基因组绘图》,《基因组研究》,19,2,318-326(2009)·doi:10.10101克/克081398.108
[7] Hudson,RR,在Wright-Fisher中性遗传变异模型下生成样本,生物信息学,18,2,337-338(2002)·doi:10.1093/bioinformatics/18.2.337
[8] 莫尔特克,I。;Albrechtsen,A。;汉森,电视;尼尔森足球俱乐部;Nielsen,R.,《一种同时检测多个个体IBD区域的方法及其在疾病遗传学中的应用》,《基因组》。第21、7、1168-1180号决议(2011年)·doi:10.1101/gr.115360.110
[9] 镍,X。;郭,W。;袁,K。;杨,X。;马,Z。;徐,S。;Zhang,S.,一种估计迁移人口后代身份共享的概率方法,IEEE ACM T.计算。Bi.,13,2,281-290(2016)
[10] 诺托哈拉,M.,地理结构人口中的合并和系谱过程,J.数学。生物学,29,1,59-75(1990)·Zbl 0726.92014号 ·doi:10.1007/BF00173909
[11] 帕拉马拉,PF;Lencz,T。;Darvasi,A。;佩尔,I.,《按血统划分的身份长度分布揭示了精细的人口统计历史》,《美国遗传学杂志》。,91, 5, 809-822 (2012) ·doi:10.1016/j.ajhg.2012.08.030
[12] 帕拉马拉,PF;佩尔,I.,通过单倍型共享推断历史迁移率,生物信息学,29,13,i180-i188(2013)·doi:10.1093/bioinformatics/btt239
[13] Purcell,S.,《全基因组关联和基于人群的连锁分析的工具集》,美国遗传学杂志。,81, 3, 559-575 (2007) ·doi:10.1086/519795
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