×

基于单片投影的高效方法求解趋化因子驱动的生物转化问题。 (英语) 兹比尔1524.76268

摘要:我们提出了一种基于非迭代整体投影的方法来研究依赖于时间的趋化因子驱动的生物转化问题的非线性动力学。在所提出的方法中,所有项在时间上均采用Crank-Nicolson格式,在空间上采用二阶中心差分。采用线性化、近似块上下分解和近似因子分解技术来提高计算效率,同时保持二阶时间精度。我们对准同源生物碰撞、二维强制趋化生物碰撞和二维趋化驱动生物碰撞进行了数值模拟,以测试所提方法的数值性能。结果表明,所提出的方法提供的预测与以前的工作一致。此外,它在时间上保持了二阶精度,显著降低了时间步长限制,提高了计算效率。最后,利用该方法研究了具有不同特征细菌浓度和培养箱深度的趋化驱动生物转化问题的非线性动力学。根据流体和细菌运动将其分为四种状态:稳定浅琥珀、不稳定浅琥珀,不稳定深琥珀和混沌深琥珀流动。我们展示了在随机初始条件下下落羽流及其周围流体运动的形成和合并,以及它们向静止或混沌细菌羽流的收敛。为了跟踪整个考虑域上的动力学状态,我们设计了归一化方差和峰度,分别反映了混沌情况下羽流和间歇性的形成和合并。此外,还进行了后验分类,粗略概述了不同制度的特征。

MSC公司:

76M20码 有限差分方法在流体力学问题中的应用
76D05型 不可压缩粘性流体的Navier-Stokes方程
92立方厘米 细胞运动(趋化性等)
76Z05个 生理流量
92年第35季度 与生物、化学和其他自然科学相关的PDE

软件:

FFTW公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部

参考文献:

[1] 瓦格,H.W.T.,VII。关于重力对绿眼虫运动和聚集的影响。,和其他微生物,Philos。事务处理。R.Soc.伦敦。B、 201、333-390(1911)
[2] 佩德利,T.J。;Kessler,J.O.,《游泳微生物悬浮液中的流体动力学现象》,年。Rev.流体机械。,24, 313-358 (1992) ·Zbl 0825.76985号
[3] 扎瓦尔斯基,L.Y。;马琴科,A.I。;Borovik,R.V.,《细菌对萘的趋化性研究》,微生物学,72363-368(2003)
[4] J.O.凯斯勒。;Hoelzer,医学硕士。;佩德利,T.J。;Hill,N.A.,游泳细菌的功能模式,机械学。生理学。阿尼姆。游泳。,3-12 (1994)
[5] 贾诺西,I.M。;J.O.凯斯勒。;Horváth,V.K.,枯草芽孢杆菌悬浮液中生物转化的开始,Phys。E版,58,47-93(1998年)
[6] Czirok,A。;Janosi,I.M。;Kessler,J.O.,《生物对流动力学:对生物行为的依赖》,《实验生物学杂志》。,203, 3345-3354 (2000)
[7] 贾诺西,I.M。;Czirók,A。;Silhavy,D。;Holczinger,A.,生物转化是否能促进静止环境中的细菌生长?,环境。微生物。,4, 525-531 (2002)
[8] 图瓦尔一世。;西斯内罗斯,L。;Dombrowski,C。;Wolgemuth,C.W。;J.O.凯斯勒。;Goldstein,R.E.,接触线附近的细菌游动和氧气运输,Proc。国家。阿卡德。科学。,102, 2277-2282 (2005) ·Zbl 1277.35332号
[9] Abe,T。;Nakamura,S。;Kudo,S.,毛细管分析中细菌趋化性诱导的生物对流,生物化学。生物物理学。Res.Commun.公司。,483, 277-282 (2017)
[10] 希尔斯顿,A.J。;佩德利,T.J。;Kessler,J.O.,《趋化细菌悬浮液中浓度梯度的发展》,公牛。数学。生物学,57,299-344(1995)·Zbl 0814.92004号
[11] 希尔斯顿,A.J。;Pedley,T.J.,《趋氧菌悬浮液中的生物对流:线性理论》,J.流体力学。,324, 223-259 (1996) ·Zbl 0882.92004号
[12] 梅特卡夫,A.M。;Pedley,T.J.,《细菌生物转化:模式选择的弱非线性理论》,J.流体力学。,370, 249-270 (1998) ·兹布尔0921.92004
[13] 梅特卡夫,A.M。;Pedley,T.J.,《细菌生物转化中的落羽》,流体力学杂志。,445, 121-149 (2001) ·Zbl 0993.76099号
[14] 切尔尼哈,R。;Didovych,M.,简化Keller-Segel模型的精确解,Commun。非线性科学。,182960-2971(2013)·Zbl 1329.35167号
[15] Ghorai,S.公司。;Hill,N.A.,《生物对流中旋回羽流的发展和稳定性》,J.流体力学。,400, 1-31 (1999) ·Zbl 0972.76116号
[16] Ghorai,S.公司。;Hill,N.,《生物对流中旋回羽流的周期阵列》,《物理学》。流体,12,5-22(2000)·Zbl 1149.76381号
[17] 霍普金斯,M.M。;Fauci,L.J.,运动微生物集体流体动力学的计算模型,J.流体力学。,455, 149-174 (2002) ·Zbl 1052.76077号
[18] 新泽西州希尔。;Pedley,T.J.,生物对流,流体动力学。决议,37,1-20(2005)·Zbl 1153.76455号
[19] Chertock,A。;Fellner,K。;库加诺夫,A。;Lorz,A。;Markowich,P.A.,《化学趋化流体耦合模型中的下沉、合并和固定羽流:高分辨率数值方法》,J.fluid Mech。,694, 155-190 (2012) ·Zbl 1250.76191号
[20] 休·T·W。;Chiang,C.Y.,不可压缩粘性流体流动中趋化现象的数值研究,计算。流体,103,290-306(2014)·Zbl 1391.76493号
[21] Lee,H.G。;Kim,J.,《三维室内生物对流引起的细菌羽流下降的数值研究》,《欧洲医学杂志》。B流体,52,120-130(2015)·兹比尔1408.76608
[22] 德勒兹,Y。;Chiang,C.Y。;三十,M。;Sheu,T.W.,化学趋化-扩散-对流耦合系统中羽流模式的数值研究,计算。流体,126,58-70(2016)·Zbl 1390.76305号
[23] Lenarda,P。;Paggi,M。;Baier,R.R.,对流-扩散反应系统和Brinkman流的分区耦合,J.Compute。物理。,344, 281-302 (2017) ·兹比尔1380.76041
[24] Yang,X.先生。;史,B。;Chai,Z.,广义Keller-Segel趋化模型的耦合格子Boltzmann方法,计算。数学。申请。,68, 12, 1653-1670 (2014) ·Zbl 1369.92017年9月
[25] Mil-Martínez,R。;费雷尔,V。;特尔西奥,M。;López-Serrano,F。;奥尔特加,J。;Vargas,R.,矩形腔内重力生物碰撞的稳定性分析和数值模拟,计算。数学。申请。,77, 1, 222-236 (2019) ·Zbl 1442.92016年
[26] Keller,E.F。;Segel,L.A.,趋化模型,J.Theoret。《生物学》,30,225-234(1971)·Zbl 1170.92307号
[27] Keller,E.F。;Segel,L.A.,《趋化细菌的游动带:理论分析》,J.Theoret。生物学,30,235-248(1971)·Zbl 1170.92308号
[28] Chavanis,P.-H.,《趋化性的随机Keller-Segel模型》,Commun。非线性科学。,15, 60-70 (2010) ·Zbl 1221.60098号
[29] 潘,X。;Kim,K。;Lee,C。;Choi,J.-I.,自然对流问题的解耦整体投影方法,J.Compute。物理。,314, 160-166 (2016) ·Zbl 1349.76518号
[30] 潘,X。;Kim,K。;Lee,C。;Choi,J.-I.,自然对流问题的完全解耦整体投影法,J.Compute。物理。,334, 582-606 (2017) ·Zbl 1375.76178号
[31] Andrews,L.C.,《工程师数学的特殊功能》(1992),McGraw-Hill:McGraw-Hill纽约
[32] Kim,K。;Baek,S.-J。;Sung,H.J.,《不可压缩Navier-Stokes方程的隐式速度解耦程序》,国际期刊数值。液体方法,38,125-138(2002)·兹比尔1059.76046
[33] 梁,R.M。;Warming,R.,可压缩Navier-Stokes方程的隐式因子格式,AIAA J.,16,393-402(1978)·Zbl 0374.76025号
[34] Moin,P.,《工程数值分析基础》(2010),剑桥大学出版社·Zbl 1228.65003号
[35] 潘,X。;Lee,C。;Kim,K。;Choi,J.-I.,不可压缩Navier-Stokes方程的速度分量解耦投影法分析,计算。数学。申请。,71, 1722-1743 (2016) ·Zbl 1443.65137号
[36] Kim,J。;Moin,P.,《分数步法在不可压缩Navier-Stokes方程中的应用》,J.Compute。物理。,59308-323(1985年)·Zbl 0582.76038号
[37] 弗里戈,M。;Johnson,S.G.,FFTW 3.3.8-文件(2018年)
[38] 斯特里克沃尔达,J.C。;Lee,Y.S.,分步法的准确性,SIAM J.Numer。分析。,37, 1, 37-47 (1999) ·兹比尔0953.65061
[39] Brown,D.L。;科尔特斯,R。;Minion,M.L.,《不可压缩Navier-Stokes方程的精确投影方法》,J.Compute。物理。,168,2464-499(2001年)·兹比尔1153.76339
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。