本·哈穆达(Ben Hammouda,Chiheb);纳迪尔·本·拉希德;劳尔Tempone 随机反应网络稳健有效多级蒙特卡罗估计的重要性抽样。 (英语) Zbl 1471.60105号 统计计算。 30,第6期,1665-1689(2020). 摘要:连续时间马尔可夫链的多级蒙特卡罗(MLMC)方法,首先由引入D.F.安德森和D.J.海姆【多尺度模型,Simul.10,No.1,146–179(2012;Zbl 1262.60072号)],是一种高效的模拟技术,可用于估计随机反应网络的各种统计量,特别是随机生物系统的统计量。不幸的是,多层方法的稳健性和性能可能会受到高峰度的影响,这是MLMC深层观察到的现象,导致对样本方差的估计不准确。在这项工作中,我们解决了高峰度现象是由于灾难性耦合(纯跳跃过程的特征,其中耦合的连续路径在大多数模拟中都是相同的,而差异只出现在很小的比例上),并引入了路径相关重要性抽样(IS)技术,该技术提高了多级方法的健壮性和效率。我们的理论结果以及进行的数值实验表明,我们提出的方法显著降低了MLMC深能级的峰度,并将强收敛速度从标准情况(无IS)的(β=1)提高到(β=1+delta),其中(0<delta<1)是我们的is算法中由用户选择的参数。由于MLMC的复杂性定理,并且给定了一个预先选择的容差,这导致了复杂性从标准情况下的({mathcal{O}}左(\mathrm{TOL}^{-2}\log(\mathr m{TOL})^2\right)提高到({mathcal{O{}}右),这是MLMC估计器的最佳复杂度。我们以可忽略不计的额外成本实现了所有这些改进,因为我们的IS算法在每个模拟路径上只应用了几次。 引用于4文件 MSC公司: 60华氏35 随机方程的计算方法(随机分析方面) 60J27型 离散状态空间上的连续时间马尔可夫过程 60J74型 离散状态空间上的跳跃过程 92C40型 生物化学、分子生物学 关键词:多级蒙特卡罗;连续时间马尔可夫链;随机反应网络;随机生物系统;重要性抽样 引文:Zbl 1262.60072号 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{C.Ben Hammouda}等人,《统计计算》。30,第6号,1665--1689(2020;Zbl 1471.60105) 全文: 内政部 arXiv公司 参考文献: [1] 阿卜杜勒。;于成,H。;Li,T.,带离散噪声的切比雪夫方法:岩石方法,J.Compute。数学。(2010) ·Zbl 1224.65009号 [2] Ahn,T.-H.,Sandu,A.,Han,X.:随机化学动力学的隐式模拟方法(2013)。arXiv预输入rXiv:1303.3614·Zbl 07246332号 [3] 安德森,D。;Higham,D.,连续马尔可夫链的多级蒙特卡罗,及其在生化动力学中的应用,SIAM多尺度模型。模拟。,10, 1, 146-179 (2012) ·Zbl 1262.60072号 [4] Anderson,DF,《用于模拟具有时间依赖倾向和延迟的化学系统的改进的下一反应方法》,J.Chem。物理。,127, 21, 214107 (2007) [5] 安德森,DF;Ganguly,A。;Kurtz,TG,τ叶模拟方法的误差分析,Ann.Appl。概率。,21, 6, 2226-2262 (2011) ·Zbl 1234.60066号 [6] 安德森,DF;Kurtz,TG,《生物化学系统的随机分析》(2015),柏林:施普林格出版社,柏林·Zbl 1402.92004号 [7] Aparicio,JP;索拉里,HG,人口动力学:泊松近似及其与朗之万过程的关系,物理学。修订稿。,86, 18, 4183 (2001) [8] Bayer,C.,Hammouda,C.B.,Tempone,R.:有效期权定价和密度估计的数值平滑和层次近似(2020)。arXiv预打印arXiv:2003.05708 [9] 布劳尔,F。;Castillo-Chavez,C.,《人口生物学和流行病学的数学模型》(2001),柏林:施普林格出版社,柏林·Zbl 0967.92015年 [10] Cao,Y.,Petzold,L.:生物化学系统随机模拟的梯形tau-leaping公式。摘自:《工程系统生物学基础学报》(FOSBE 2005),第149-152页(2005) [11] 曹毅。;Liang,J.,反应网络中罕见事件的自适应有偏序列重要性采样与有限缓冲dCME方法的精确解的比较,J.Chem。物理。,139、2、07B605_1(2013) [12] 乔恩·恩拉尔,E.,《概率与随机性》(2011),柏林:施普林格出版社,柏林·Zbl 1226.60001号 [13] 克利夫,堪萨斯州;贾尔斯,MB;Scheichl,R。;Teckentrup,AL,多层蒙特卡罗方法及其在随机系数椭圆偏微分方程中的应用,计算。视觉。科学。,14, 1, 3 (2011) ·Zbl 1241.65012号 [14] 小戴格尔,BJ;卢武铉,MK;Gillespie,DT;Petzold,LR,《生物化学系统中罕见事件概率的自动估计》,J.Chem。物理。,134、4、01B628(2011) [15] 达菲,D。;Glynn,P.,证券价格的有效蒙特卡罗模拟,Ann,Appl。概率。,5, 4, 897-905 (1995) ·Zbl 0877.65099号 [16] Engblom,S.:关于随机跳跃动力学的稳定性(2012)。arXiv预打印arXiv:1202.3892 [17] 埃塞尔,SN;Kurtz,TG,马尔可夫过程:表征和收敛。《概率和数理统计中的威利级数》(1986),纽约:威利,纽约·Zbl 0592.60049号 [18] Giles,MB,多级蒙特卡罗路径模拟,Oper。研究,56,3,607-617(2008)·Zbl 1167.65316号 [19] Giles,MB,多层蒙特卡罗方法,《数值学报》,24,259-328(2015)·Zbl 1316.65010号 [20] Gillespie,DT,《数值模拟耦合化学反应随机时间演化的通用方法》,J.Compute。物理。,22, 4, 403-434 (1976) [21] Gillespie,DT,《化学朗之万方程》,J.Chem。物理。,113, 1, 297-306 (2000) [22] Gillespie,DT,化学反应系统的近似加速随机模拟,J.Chem。物理。,115, 4, 1716-1733 (2001) [23] Gou,W.:使用多级蒙特卡罗最大熵方法估算价值风险。牛津大学硕士论文(2016) [24] 古普塔,A。;Briat,C。;Khammash,M.,《建立随机反应网络长期行为的可扩展计算框架》,《公共科学图书馆·计算》。生物学,10,6,e1003669(2014) [25] 哈穆达,哥伦比亚广播公司;Moraes,A。;Tempone,R.,多层混合分步隐式τ-叶,Numer。算法,74,2527-560(2017)·Zbl 1357.65005号 [26] 亨塞尔,南卡罗来纳州;罗林斯,JB;Yin,J.,水疱性口炎病毒细胞内生长的随机动力学模型,公牛。数学。生物学,71,71671-1692(2009)·Zbl 1173.92010年 [27] Kebaier,A.,《统计隆伯格外推:一种新的方差减少方法及其在期权定价中的应用》,《应用年鉴》。概率。,15, 4, 2681-2705 (2005) ·Zbl 1099.65011号 [28] Kuwahara,H。;Mura,I.,《分析生化系统中罕见事件的高效准确随机模拟方法》,J.Chem。物理。,129、16、10B619(2008) [29] 莱斯特,C。;贝克,RE;贾尔斯,MB;Yates,CA,扩展用于模拟随机生物系统的多级方法,Bull。数学。生物学,78,81640-1677(2016)·Zbl 1352.92062号 [30] 莱斯特,C。;加利福尼亚州耶茨;Baker,RE,《使用多级蒙特卡罗方法稳健模拟生化反应动力学》,J.Compute。物理。,375, 1401-1423 (2018) ·Zbl 1416.92083号 [31] 莱斯特,C。;加利福尼亚州耶茨;贾尔斯,MB;Baker,RE,随机生物系统的自适应多级模拟算法,J.Chem。物理。,142,01B612_1(2015) [32] Li,T.,用于模拟化学反应系统的显式τ叉方案分析,多尺度模型。模拟。,6, 2, 417-436 (2007) ·Zbl 1145.92041号 [33] Moraes,A。;丹蓬,R。;Vilanova,P.,随机反应网络的多级自适应反应分裂模拟方法,SIAM J.Sci。计算。,38、4、A2091-A2117(2016)·Zbl 1355.65020号 [34] 莫拉斯,A。;丹蓬,R。;Vilanova,P.,多层混合Chernoff tau-leap,BIT Numer。数学。,56, 1, 189-239 (2016) ·Zbl 1348.60112号 [35] Rao,CV;Arkin,AP,《随机化学动力学和准静态假设:Gillespie算法的应用》,J.Chem。物理。,118, 11, 4999-5010 (2003) [36] Rathinam,M.:非负整数格上连续时间Markov过程的矩增长界(2013)。arXiv预印本arXiv:1304.5169·Zbl 1317.60092号 [37] Rathinam,M。;El Samad,H.,可逆等效单分子τ:“小数量刚性”随机化学系统的跳跃方法,J.Compute。物理。,224, 2, 897-923 (2007) ·Zbl 1118.80008号 [38] 斯利瓦斯塔瓦,R。;你,L。;萨默斯,J。;Yin,J.,细胞内病毒动力学的随机与确定性建模,J.Theor。《生物学》,218,3,309-321(2002) 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。