×

病例对照研究中遗传关联的贝叶斯模型:未知群体子结构的解释。 (英语) Zbl 07257143号

小结:在考虑了群体亚结构后,提出了一种两阶段参数贝叶斯方法来检验候选基因与疾病发生之间的关联。该过程通过马尔可夫链蒙特卡罗数值积分技术实现,首先估计不同未知群体子结构的后验概率,然后通过贝叶斯模型平均技术将该信息集成到疾病基因关联模型中。该模型放松了先前分析的某些假设,并提供了一个统一的计算框架,以在允许等位基因频率在不同亚群之间变化后,获得与遗传因子相对应的对数比值比参数的估计值。在为疾病基因关联模型中的参数提供可信区间时,考虑了估计种群子结构的不确定性。对模拟混合阿根廷人群的非匹配病例对照研究进行了模拟,以证明我们模型的统计特性。该方法也适用于来自肥胖遗传关联研究的真实数据集。

MSC公司:

62至XX 统计
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: DOI程序

参考文献:

[1] DNA法医学委员会:更新(1996)法医DNA证据评估。美国国家科学院出版社,华盛顿特区。
[2] Freedman ML、Reich D、Penney KL、McDonald GJ、Mignault AA、Patterson N、Gabriel SB、Topol EJ、Smoller JW、Pato CN、Pato MT、Petryshen TL、Kolonel LN、Lander ES、Sklar P、Henderson B、Hirschorn JN和Altshuler D(2004)《评估人口分层对遗传关联研究的影响》。《自然遗传学》36,388-393。 ·数字对象标识代码:10.1038/ng1333
[3] Falush D、Stephens M和Pritchard JK(2003)使用多位点基因型数据推断种群结构:连锁位点和相关等位基因频率。遗传学164,1567-1587。
[4] Hayakawa T、Nagai Y、Kahara T、Yamashita H、Takamura T、Abe T、Nomura G和Kobayashi K(2000)β2肾上腺素能受体基因的Gln27Glu和Arg16Gly多态性与日本男性肥胖无关。代谢49,1215-1218。 ·doi:10.1053/meta.2000.8622
[5] Hoggart CJ、Parra EJ、Shriver MD、Bonilla C、Kittles RA、Clayton DG和McKeigue PM(2003)分层人群中遗传关联的混杂控制。《美国人类遗传学杂志》721492-1504。 ·doi:10.1086/375613
[6] Hoggart CJ、Shriver MD、Kittles RA、Clayton DG和McKeigue PM(2004)混合绘图研究的设计和分析。《美国人类遗传学杂志》74,965-978。 ·doi:10.1086/420855
[7] Johnson JA,Terra SG(2002)b-肾上腺素能受体多态性:心血管疾病相关性和药物遗传学。《药学研究》第19期,1779-1787年。 ·doi:10.1023/A:1021477021102
[8] Knowler WC、Williams RC、Pettitt DJ和Steinberg AG(1988)GM 3;5、13、14和2型糖尿病:美国印第安人与遗传混合的关联。美国人类遗传学杂志43,520-526。
[9] Lander ES和Schork NJ(1994),复杂性状的遗传解剖。《科学》2652037-2048。 ·doi:10.1126/science.8091226
[10] Lin M、Aquilante C、Johnson JA和Wu R(2005)《利用HapMap对药物反应进行排序》。药物基因组学杂志5,149-156。 ·doi:10.1038/sj.tpj.6500302
[11] Lynch M和Walsh B(1998)《数量性状的遗传学和分析》。西努埃尔。
[12] Madigan D和Raftery AE(1994)使用奥卡姆窗口的图形模型中的模型选择和模型不确定性。美国统计协会杂志,89,1535-1546·Zbl 0814.62030号 ·doi:10.1080/01621459.1994.10476894
[13] Marchini J、Cardon2 LR、Phillips MS和Donnelly P(2004)《人口结构对大型遗传关联研究的影响》。《自然遗传学》36,512-517。 ·数字对象标识代码:10.1038/ng1337
[14] McKeigue PM(2005)《复杂性状混合图谱的展望》。美国人类遗传学杂志76,1-7。 ·doi:10.1086/426949
[15] Morton NE和Collins A(1998)复杂遗传中等位基因关联的测试和估计。美国国家科学院院刊,美国95,11389-11393。 ·doi:10.1073/pnas.95.19.11389
[16] Patterson N、Hattangadi N、Lane B、Lohmueller KE、Hafler DA、Oksenberg JR、Hauser SL、Smith MW、O'Brien SJ、Altshuler D、Daly MJ和Reich D(2004)《疾病基因高密度混合映射方法》。美国人类遗传学杂志。74, 979-1000 . ·doi:10.1086/420871
[17] Pritchard JK、Stephens M和Donnelly P(2000a)使用多焦点基因型数据推断种群结构。遗传学155,945-959。
[18] Pritchard JK、Stephens M、Rosenberg NA和Donnelly P(2000b)结构化种群中的关联映射。美国人类遗传学杂志67,170-181。 ·doi:10.1086/302959
[19] Risch N和Merikangas K(1996)《复杂疾病遗传研究的未来》。《科学》273,1516-1517。 ·doi:10.1126/science.273.5281.1516
[20] Sala A、Penacino G、Carnese R和Corach D(1999)《阿根廷高变遗传标记参考数据库:分子人类学和法医案例研究的应用》。电泳201733-1739。 ·doi:10.1002/(SICI)1522-2683(19990101)20:8<1733::AID-ELPS1733>3.0.CO;2倍
[21] Sala A、Penacino G和Corach D(1998)阿根廷美洲印第安人和欧洲人群八个基因座的等位基因频率比较。人类生物学70,937-947。
[22] Satten GA、Flanders WD和Yang Q(2001)使用新型潜在类模型对遗传关联的病例对照研究中未测量的群体亚结构进行解释。美国人类遗传学杂志68,466-477。 ·doi:10.1086/318195
[23] Spielman RS和Ewens WJ(1998)关联存在时连锁的同胞关系检验:同胞传递/不平衡检验。美国人类遗传学杂志62,450-458。 ·数字对象标识代码:10.1086/301714
[24] Spielman RS、McGinnis RE和Ewens WJ(1993)连锁失衡的传播试验:胰岛素基因区域和胰岛素依赖性糖尿病(IDDM)。美国人类遗传学杂志52,506-516。
[25] Sullivan PF、Eaves LJ、Kendler KS和Neale MC(2001),神经精神病学中的遗传病例对照关联研究。《普通精神病学档案》5811015-1024。 ·doi:10.1001/考古,2015年11月58日
[26] Takami S、Wong ZYH、Stebbing M和Harrap SB(1999)糖皮质激素和b2-肾上腺素能受体基因与血压和体重指数的连锁分析。美国生理学、心脏和循环生理学杂志2761379-1384。
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。