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徐燕;王晓波;王勇翠;田英杰;邵晓健;吴凌云;邓乃阳

用核方法预测氨基酸序列的翻译后修饰位点。 （英语） Zbl 1412.92250号

J.西奥。生物。 344、78-87（2014）.
摘要：翻译后修饰（PTM）是蛋白质翻译后的化学修饰，是许多蛋白质生物合成的后期步骤之一。它在修饰基因表达的最终产物、促进生物过程和疾病条件方面发挥着重要作用。然而，识别PTM位点的实验方法既昂贵又耗时。因此，非常需要计算方法。在这项工作中，开发了一种新的编码方法PSPM（位置特定倾向矩阵）。然后，利用PSPM计算的核矩阵，采用支持向量机（SVM）对PTM站点进行预测。实验结果表明，新方法的性能优于或可与现有方法媲美。因此，新方法为识别PTM站点提供了有用的计算资源。开发了一个统一的独立软件PTMPred。如果用户提供了训练数据集，它可以用于预测所有类型的PTM站点。该软件可以从免费下载http://www.aporc.org/doc/wiki/PTMPred.

引用于1文件

MSC公司：

92D20型 蛋白质序列，DNA序列
92C40型 生物化学、分子生物学
68T05型 人工智能中的学习和自适应系统

关键词：

激酶特异的;O-糖基化;磷酸化;支持向量机

软件：

伦敦银行支持向量机;信号-CF;磷酸激酶;汽车主题;iSNO-AAP航空公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{Y.Xu}等人，J.Theor。生物学344，78--87（2014；Zbl 1412.92250）
全文： 内政部

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