马雷克·帕尔科夫斯基;维洛奇米尔兹·比莱基;斯科特尼基，彼得 改进RNA二级结构预测代码的数据局部性。 （英语） Zbl 1489.92111号 Rutkowski，Leszek（编辑）等人，《人工智能和软计算》。2017年6月11日至15日在波兰扎科帕内举行的2017年ICAISC第16届国际会议。诉讼程序。第一部分查姆：施普林格。莱克特。注释计算。科学。10245, 690-699 (2017). 小结：提出了一种改进RNA二级结构预测代码局部性的方法。我们讨论了该技术在Nussinov算法自动循环嵌套拼接中的应用。该方法要求以元组关系的形式精确表示依赖关系，并计算依赖图的传递闭包。首先，为了提高代码局部性，在Nussinov循环嵌套的三维迭代空间内形成三维矩形块。然后通过应用依赖图的精确传递闭包来修正分片以建立代码有效性。该方法已作为多面体TRACO编译器的一部分实现。实验结果给出了优化代码的加速因子。概述了相关工作和未来任务。关于整个系列，请参见[Zbl 1364.68016号]. MSC公司： 92D20型 蛋白质序列，DNA序列 92-08 生物问题的计算方法 92-04 生物相关问题的软件、源代码等 关键词：计算生物学;Nussinov算法;自动循环平铺;RNA折叠;传递闭包 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{M.Palkowski}等人，Lect。注释计算。科学。10245690-699（2017年；兹比尔1489.92111） 全文： 内政部