安德雷斯·克里斯滕；阿尔伯特·E·帕克。 稀释系列微生物数据的系统统计分析。 （英语） Zbl 07270328号 《农业杂志》。生物与环境。斯达。 25，第3期，339-364（2020）. 摘要：在微生物研究中，样品通常在不同的实验条件下处理，然后测试微生物的存活率。一项可追溯到19世纪80年代的技术包括将样品稀释几次，然后培养每一次稀释液，以验证肉眼可见的微生物菌落形成单位或CFU的存在。稀释系列数据分析中的主要问题是样品中CFU原始数量的简单点估计的不确定性量化（即在稀释零点）。除其他问题外，对数正态或泊松模型等常见方法似乎无法很好地处理低计数或高计数的极端情况。我们根据包括稀释序列在内的实验程序的实际设计，建立了一个新的二项式模型。对于重复，我们为单个实验室的实验结果构建了层次模型，进而为实验室间分析构建了更高层次。结果似乎很有希望，对所有数据案例进行了系统处理，包括零、审查数据、重复、实验室内和实验室间研究。使用贝叶斯方法，使用一种稳健高效的MCMC方法分析多个实际数据集。 引用于1文件 MSC公司： 第62页第12页 统计在环境和相关主题中的应用 关键词：稀释实验；二项式似然；贝叶斯推断；层次模型；MCMC公司 软件：t形走道；Rtwalk公司；lme4型 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{J.A.Christen}和\textit{A.E.Parker}，J.Agric。生物与环境。Stat.25，No.3，339--364（2020；Zbl 07270328） 全文： 内政部 arXiv公司 参考文献： [1] ASTM（2013年a）。八个实验室对三个不同目标结果的样品进行了实验室间研究，以确定试验方法e2871的精度声明。美国宾夕法尼亚州西康舍霍肯ASTM国际，https://www.astm.org/DATABASE.CART/RESEARCH_REPORTS/RR-E35-1008.htm。 [2] -（2013年b）。使用单管法评估对cdc生物膜反应器中生长的铜绿假单胞菌生物膜的消毒效果的标准试验方法。美国宾夕法尼亚州西康舍霍肯ASTM国际，https://www.astm.org/Standards/E2871.htm。 [3] 贝茨，D。；Mächler，M。；Bolker，B。；Walker，S.，使用lme4拟合线性混合效应模型，统计软件杂志，67，1，1-48（2015）·doi:10.18637/jss.v067.i01 [4] Ben-David，A。；Davidson，CE，系列稀释试验的估算方法，《微生物方法杂志》，107，214-221（2014）·doi:10.1016/j.mimet.2014.08.023 [5] Christen，J。；Fox，C.，连续分布的通用采样算法（t-walk），贝叶斯分析，5，2，263-282（2010）·Zbl 1330.62007年 ·doi:10.1214/10-BA603 [6] JA克里斯滕；Buck，CE，放射性碳年代测定中的样本选择，《皇家统计学会杂志：C辑（应用统计学）》，47543-557（1998）·Zbl 0913.62124号 ·doi:10.1111/1467-9876.00127 [7] Clarke，J.，《审查数据评估，以便在观测值低于检测限的极小样本之间进行统计比较》，《环境科学与技术》，32，177-183（1998）·doi:10.1021/es970521v [8] Cochran，WG，通过“最可能数”估算细菌密度，生物计量学，6263-282（1950） [9] Cundell，T.，《微生物中克隆抗体单位的局限性》，《欧洲药学评论》，20，6，11-13（2015） [10] Currie，L.，《定性检测和定量测定的限值》，《分析》。化学。，40, 586 (1968) ·doi:10.1021/ac60259a007 [11] 美国环保局（1996）。数据质量评估指南。美国环境保护局研发办公室。 [12] FDA（2018）。BAM 4：大肠杆菌和大肠杆菌的计数。美国食品和药物管理局，https://www.fda.gov/food/laboratory-methods-food/bam-4-enumeration-and-escherichia-coli-bacteria。 [13] Garthright，WE，从系列稀释液中估算微生物密度对数的偏差，《生物医学杂志》，35，3，299-314（1993）·doi:10.1002/bimj.4710350306 [14] Geyer，C.，实用马尔可夫链蒙特卡罗，统计科学，7，4，473-511（1992）·Zbl 0085.18501号 ·doi:10.1214/ss/117701137 [15] Haas，C.、Rose，J.和Gerba，C.（1999）。定量微生物风险评估。 [16] 哈斯，中国；Scheff，PA，截断样本平均值的估计，环境科学技术，24912-919（1990）·doi:10.1021/es00076a021 [17] 汉密尔顿，M。；哈密尔顿，G。；戈雷斯，D。；Parker，A.，《实验室消毒剂产品性能测试方法合作研究的统计分析指南》，JAOAC International，96，5，1138-1151（2013）·doi:10.5740/jaoacint.12-217 [18] Hamilton，M.A.（2011年）。使用SQ1型半定量消毒剂试验时对数减少的P/N公式。生物膜工程中心。 [19] Hamilton，M.A.和Parker，A.E.（2010年）。通过合并数种稀释液的计数来枚举活细胞。生物膜工程中心。 [20] Hedges，AJ，《估算系列稀释液和活菌计数的精确度》，《国际食品微生物学杂志》，76207-214（2002）·doi:10.1016/S0168-1605（02）00022-3 [21] Herigstad，BR；Hamilton，M.，How to optimize the drop plate method for enumerating bacteria，J Microbiological Methods，44，2，121-129（2001年）·doi:10.1016/S0167-7012（00）00241-4 [22] 霍维茨，DG；DJ Thompson，《有限宇宙中无替换抽样的推广》，美国统计协会杂志，47663-685（1952）·Zbl 0047.38301号 ·网址：10.1080/01621459.1952.10483446 [23] 欢，X。；Marzouk，YM，贝叶斯实验设计中基于梯度的随机优化方法，国际不确定性量化杂志，4，6，479-510（2014）·Zbl 1497.62069号 ·doi:10.1615/国际不确定性定量杂志.2014006730 [24] Joe，H。；Zhu，Ra，广义泊松分布：泊松混合的性质及与负二项分布的比较，生物医学杂志，47，2，219-229（2005）·Zbl 1442.62431号 ·doi:10.1002/bimj.200410102 [25] 卡斯，RE；Raftery，AE，贝叶斯因子，美国统计协会杂志，90，430，773-795（1995）·Zbl 0846.62028号 ·doi:10.1080/01621459.1995.10476572 [26] Maturin，L.和Peeler，J.T.（1998）。第3章-需氧菌平板计数，章节：常规平板计数法。In Council，B.，美国食品药品监督管理局细菌分析手册编辑。美国食品和药物管理局。 [27] MH McCrady，《发酵管结果的数值解释》，《传染病杂志》，第17期，第183-212页（1915年）·doi:10.1093/infdis/17.1.183 [28] Niemela，S.（1983年）。定量微生物检验结果的统计评估。北欧食品分析委员会。Ord&Form AB，乌普萨拉。 [29] Niemi，MM；Niemela，SI，微生物培养方法的测量不确定性，认证和质量保证，6372-375（2001）·doi:10.1007/s007690100360 [30] A.帕克。；皮特斯，B。；Lorenz，L。；Stewart，P.，《生物膜成像大高斯模型的多项式加速解：理论和有限精度》，《美国统计协会杂志》，113，524，1431-1442（2018）·Zbl 1409.62226号 ·doi:10.1080/01621459.2017.1409121 [31] AE帕克；马萨诸塞州汉密尔顿；Goeres，DM，抗菌测试方法的再现性，科学报告，8，1，12531（2018）·doi:10.1038/s41598-018-30282-3 [32] Parkhurst，D.F.和Stern，D.A.（1998年）。测定水中隐孢子虫和其他病原体的平均浓度。环境科学与技术，32:3424-34-3429。 [33] 皮特斯，B。；Stewart，P.，《生物膜上的共焦激光显微镜：成功与局限性》，《今日显微镜》，第16、4、18-21页（2008年）·doi:10.1017/S1551929500059733 [34] 普雷斯科特，L。；哈雷，J。；Kline，D.，《微生物学》（1996），Dubuque:Wm。C.Brown Publishers，杜布克 [35] Rice，E.、Baird，R.和Eaton，A.（2017年）。水和废水检验标准方法。美国公共卫生协会、美国水工程协会、水环境联合会，第23版。 [36] 辛格，A。；Nocerino，J.，使用低于检测限的观测值的环境数据集对均值和方差进行稳健估计，化学计量学和智能实验室系统，60，69-86（2002）·doi:10.1016/S0169-7439（01）00186-1 [37] Wahlen，L。；A.帕克。；Walker，D。；帕斯莫尔，M。；Sturman，P.，支持热水消毒计划的浮游和生物膜相关鞘氨醇类副aucimobilis热水灭活预测模型，生物污染，32，7，751-761（2016）·doi:10.1080/08927014.2016年11月19日155 [38] 韦弗，英国石油公司；威廉姆斯，BJ；Anderson-Cook，CM；Higdon，DM，使用高斯过程的贝叶斯实验设计的计算增强，贝叶斯分析，11，191-213（2016）·Zbl 1359.62322号 ·doi:10.1214/15-BA945 [39] 祖尔，A。；伊诺，E。；Walker，N。；萨维利耶夫，A。；Smith，G.，《生态学与R的混合效应模型和扩展》（1999），纽约：Springer，纽约 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。