米哈埃拉·巴罗尼;斯特凡·格鲁纽瓦尔德;文森特·莫尔顿;查尔斯·森普尔 限制杂交事件的数量，以获得一致的进化历史。 （英语） Zbl 1068.92034号 数学杂志。生物。 51，第2期，171-182（2005）. 摘要：进化过程，如杂交、横向基因转移和重组，都是形成基因和基因组结构的关键因素。然而，由于这些过程并不总是用树来最好地表示，因此现在人们对使用更通用的网络产生了相当大的兴趣。例如，最近的研究表明，网络可用于提供重组事件数量的下限，以及一组分子序列进化历史中发生的横向基因转移数量的下限。我们描述了将树对合并到网络中时产生的一些相关边界的理论性能。 引用于1审查引用于27文件 MSC公司： 92D15型 与进化有关的问题 05二氧化碳 树 94C99号 电路、网络 关键词：系统发育树;系统发育网络;横向基因转移;杂交 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{M.Baroni}等人，J.Math。生物学51，第2期，171--182（2005；Zbl 1068.92034） 全文： 内政部 链接 参考文献： [1] Allen，B.L.，Steel，M.：进化树上的子树转移操作及其诱导度量。安·库姆。5, 1–13 (2001) ·兹伯利0978.05023 ·doi:10.1007/s00026-001-8006-8 [2] Baroni，M.，Semple，C.，Steel，M.：代表网状进化的框架。安·库姆。8, 391–408 (2004) ·Zbl 1059.05034号 ·doi:10.1007/s00026-004-0228-0 [3] Bordewich，M.，Semple，C.：关于有根子树修剪和再生距离的计算复杂性。安·库姆。8, 409–423 (2004) ·Zbl 1059.05035号 ·doi:10.1007/s00026-004-0229-z [4] Bryant，D.，Moulton，V.：NeighborNet：构建系统发育网络的聚合算法。分子生物学。进化。21 (2), 255–265 (2004) ·doi:10.1093/molbev/msh018 [5] Felsenstein，J.：推断系统发育。西诺协会，2003年 [6] Gusfield，D.，Eddhu，S.，Langley，C.：利用受限重组优化、高效地重建系统发育网络。生物信息学和计算生物学杂志2（1），173-213（2004）·doi:10.1142/S0219720004000521 [7] Hein，J.：利用简约性重建重组序列的进化。数学。Biosci公司。98, 185–200 (1990) ·Zbl 0692.92014号 ·doi:10.1016/0025-5564（90）90123-G [8] Hein，J.，Jiang，T.，Wang，L.，Zhang，K.：关于比较进化树的复杂性。离散应用程序。数学。71, 153–169 (1996) ·Zbl 0876.92020号 ·doi:10.1016/S0166-218X（96）00062-5 [9] Maddison，W.：物种树中的基因树。系统。生物学46，523–536（1997）·doi:10.1093/sysbio/46.3.523 [10] Myers，S.，Griffiths，R.：样本历史中重组事件最小数量的界限。遗传学163，375–394（2003） [11] Nakhleh，L.，Warnow，T.，Randal Linder，C.：重建物种中的网状进化——理论与实践。摘自：第八届国际计算分子生物学研究年会（RECOMB）会议记录，2004年，337–346 [12] Posada，D.，Crandall，K.：种内基因遗传学：树木嫁接到网络中。经济趋势。进化。16, 37–45 (2001) ·doi:10.1016/S0169-5347（00）02026-7 [13] 森普尔，C.，斯蒂尔，M.：系统发育遗传学。牛津大学出版社，2003 [14] Song，Y.，Hein，J.：序列进化和单倍型块的简约重建：寻找重组事件的最小数量。收录于：G.Benson，R.Page，（编辑），《生物信息学中的算法》（WABI），第2812卷，生物信息学课堂讲稿，2003年，第287-302页 [15] Song，Y.，Hein，J.：关于DNA序列进化史中重组事件的最小数量。数学杂志。生物学48160-186（2004）·Zbl 1063.92041号 ·doi:10.1007/s00285-003-0227-5 [16] Song，Y.，Hein，J.：构建最小祖先重组图。J.公司。生物。出现 [17] 王，L.，张，K.，张，L.：具有重组的完美系统发育网络。J.公司。生物学8，69–78（2001）·doi:10.1089/106652701300099119 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。