×

含Hamming距离(d)和常数(GC)的DNA编码的线性和非线性构造。 (英语) Zbl 1215.94087号

作者摘要:“编码理论在遗传学和生物工程中有几个应用。本文构建了字母表上的编码(A,C,G,T\)与DNA微阵列中使用的合成DNA链的设计有关,如化学库和DNA计算中的DNA标签。代码的设计是为了避免不必要的杂交,并确保熔化温度均匀。具体来说,这里考虑的代码满足汉明距离约束和GC内容约束。与以前的工作相比,构造了更长的码,对循环码和扩展循环码的研究更全面,注意了域或环元素到(A,C,G,T)的映射,使用了码的陪集,并进行了非线性缩短操作。构建了许多新的最佳代码,并且可以根据此处提供的信息进行复制。”

MSC公司:

94B60码 其他类型的代码
94B05型 线性码(一般理论)
94B15号机组 循环代码

软件:

代码表
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部

参考文献:

[1] 布鲁姆,C。;瓦利斯,M.Y。;Blesa,M.J.,通过杂交进行DNA测序的蚁群优化算法,计算。操作。Res.,3513620-3635(2008年)·Zbl 1167.92011号
[2] Brenner,S。;Lerner,R.A.,编码组合化学,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,89,5381-5383(1992)
[3] Brouwer,A.E.,《线性码大小的界限》,(Pless,V.S.;Huffman,W.C.,《编码理论手册》(1998),北荷兰:北荷兰阿姆斯特丹),295-461·Zbl 0936.94015号
[4] 卡尔德班克,A.R。;Rains,E.M。;肖尔,P.W。;Sloane,N.J.A.,通过GF(4)上的代码进行量子纠错,IEEE Trans。通知。理论,41369-1387(1998)·Zbl 0982.94029号
[5] 卡尔德班克,A.R。;斯隆,N.J.A.,模码和p-adic循环码,Des。密码。,6, 21-35 (1995) ·兹比尔0848.94020
[6] 水果,A.G。;刘,Q。;Thiel,A.J。;A.M.W.桑纳。;康登,A.E。;史密斯,L.M。;Corn,R.M.,表面DNA计算的单词设计策略演示,核酸研究,254748-4757(1997)
[7] Gaborit,P。;King,O.D.,DNA代码的线性构造,Theoret。计算。科学。,334, 99-113 (2005) ·Zbl 1080.68034号
[8] Gupta,M.K.,《生物学中错误纠正的探索》,IEEE工程医学生物学。Mag.,25,1,46-53(2006)
[9] King,O.D.,以恒定GC含量的DNA代码为界,电子。J.Combina.,10,1,R33(2003)·Zbl 1030.94049号
[10] 麦克威廉姆斯,F.J。;Sloane,N.J.A.,《纠错码理论》(1977年),荷兰阿姆斯特丹北荷兰人出版社·Zbl 0369.94008号
[11] A.马拉太。;康登,A.E。;Corn,R.M.,《关于组合DNA单词设计》,计算机科学杂志。生物学,8,3,201-219(2001)
[12] 蒙特曼,R。;Smith,D.H.,通过可变邻域搜索算法构建含GC的恒定DNA代码,J.Math。模型。算法,7311-326(2008)·Zbl 1191.68229号
[13] R.Montemanni,D.H.Smith,用于构建恒定GC含量DNA代码的元启发式,收录于:MIC 2009:第八届元启发式国际会议,汉堡,2009年7月13日至16日。;R.Montemanni,D.H.Smith,《构建恒定GC含量DNA代码的元启发式》,收录于:MIC 2009:第八届元启发式国际会议,汉堡,2009年7月13日至16日。
[14] Pevzner,P.A.,《1元组DNA测序:计算机分析》,J.Biomol。结构。动态。,7, 1, 63-73 (1989)
[15] 鞋匠D。;拉什卡里,D.A。;莫里斯,D。;米特曼,M。;Davis,R.W.,使用高度平行分子条编码策略的酵母缺失突变体的定量表型分析,自然遗传学。,16, 450-456 (1996)
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。它的项目与zbMATH标识符启发式匹配,并且可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。