亚历克斯·加夫柳什金;克里斯·惠登;弗雷德里克·马森。 离散时间树的组合：理论和开放问题。 （英语） Zbl 1391.92030号 数学杂志。生物。 76，第5期，1101-1121（2018）. 摘要：时间树是有根的系统发育树，所有内部节点都有绝对发散日期，所有叶节点都有采样日期。这种时间树已经成为系统发育学研究的中心对象，但对这种对象的参数空间知之甚少。在这里，我们从图形理论和算法的角度介绍和研究了时间树空间的离散近似层次。NNI图是一种基本且广泛使用的系统发育图，它是我们层次结构中最粗略的近似值和最底层的图。更精细的近似离散了进化分歧和采样日期的相对时间。我们研究这些图的基本图形理论问题，包括邻域的大小、直径的上下限以及寻找最短路径的问题。我们通过将Sleator、Tarjan和Thurston引入的图语法的概念扩展到我们的图中来解决这些问题。虽然时间值大大增加了可能的树的数量，但我们证明了1-邻域大小保持线性，从而可以有效地局部探索和构建这些图。我们还获得了这些图的邻域大小的上界，包括一个比NNI已知的更小的上界。我们的结果为时间树图的图形理论和算法特性的理论研究开辟了许多可能的方向。我们讨论了对系统发育应用程序最有价值的方向，并给出了这些应用程序的突出开放问题列表。特别地，我们推测分裂定理适用于时间树图中的最短路径，这是一般NNI情况下不具有的一个性质。 引用于5文件 MSC公司： 92D15型 与进化有关的问题 92D10型 遗传学和表观遗传学 68兰特 计算机科学中的图论（包括图形绘制） 68卢比 计算机科学中的组合数学 05二氧化碳 树 关键词：系统发育推断方法;系统发育时间树;最近邻交换图 软件：LAMARC公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{A.Gavryushkin}等人，J.数学。生物学76，第5期，1101--1121（2018；Zbl 1391.92030） 全文： 内政部 参考文献： [1] 奥克博格？，森布拉德B，拉格格伦J（2008）《系统发育和快速约会之前的出生-死亡》。BMC进化生物学8（1）：77。doi:10.1186/1471-2148-8-77·doi:10.1186/1471-2148-8-77 [2] Baele G，Li WLS，Drummond AJ，Suchard 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