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斯蒂芬·马赫。;约翰·默里（John M.Murray）。

覆盖连通子图的未根集问题，用于区分HIV包络序列。 （英语） Zbl 1346.90852号

欧洲药典。研究。 248，第2期，668-680（2016）.
摘要：我们提出了一种新的操作研究技术应用于HIV Env基因序列分析，旨在确定可能的疫苗靶点的关键特征。这些靶点被确定为对艾滋病毒的传播至关重要，因为它们存在于早期传播（创始人）序列中，而不存在于晚期慢性序列中。确定Env的关键特征需要两个步骤：首先，计算氨基酸组合和位置的协方差，以形成相关和补偿性突变网络；其次，开发一个整数程序来识别所构造的具有集合覆盖特性的协方差网络的最小连通子图。为该分析开发的整数程序称为未根集覆盖连通子图问题（USCCSP），集成了集覆盖问题和连通性评估，后者被表示为网络流问题。由此产生的整数程序非常大且复杂，需要使用Benders分解来开发有效的求解方法。结果将证明将加速技术应用于Benders分解求解方法的必要性，以及这些技术和启发式方法用于求解USCCSP的有效性。

MSC公司：

90 C90 数学规划的应用
92D10型 遗传学和表观遗传学
05C90年 图论的应用
90立方厘米35 涉及图形或网络的编程

关键词：

医学中的OR;HIV序列;折弯机分解;加速技术
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{S.J.Maher}和\textit{J.M.Murray}，欧洲期刊Oper。第248号决议，第2号，668--680（2016；Zbl 1346.90852）
全文： 内政部 链接

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