Miki Hirabayashi;广田大林;泰国库博 编程分子控制的基于转录的诊断自动机基本思想的实验分析。 （英语） Zbl 1154.68439号 自然计算。 7，第3期，403-421（2008）。 摘要：使用人工核酸技术的生物分子计算有望为各种健康问题带来新的解决方案。我们专注于通过唾液mRNA进行非侵入性转录组诊断，并提出了由编程DNA模块构建的基于转录的诊断自动机的新概念。主要计算元件具有一个茎状启动子区域和一个伪长形只读记忆区域，用于通过靶点引起的构象变化进行转录调节。我们的系统通过靶点识别触发孔雀石绿适配体序列的转录来量化靶点。该算法可以实现性价比高、序列特异的实时目标检测。此外，在体内治疗应用中，这种基于转录的系统可以释放在转录阶段增殖的RNA-受体药物，这与之前提出的限制酶消化系统不同。我们在基本条件下验证了诊断自动机的敏感性、选择性和定量稳定性。我们的方法将为使用编程分子的自主智能系统提供有前景的应用。 MSC公司： 65年第68季度 形式语言和自动机 2010年第68季度 计算模式（非确定性、并行、交互式、概率性等） 关键词：生物分子计算;核酸检测系统;DNA运算;分子程序设计;自动诊断设备;分子电路 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{M.Hirabayashi}等人，《自然计算》。7，第3号，403--421（2008；Zbl 1154.68439） 全文： 内政部 参考文献： [1] Babbue-JR、Adams SR、Tsien RY（2003），Aptamers开启三苯甲烷染料的荧光。美国化学学会杂志125（48）：14716–14717·doi:10.1021/ja037994o [2] Baugh C，Grate D，Wilson C（2000）孔雀石绿适配体的2.8μl晶体结构。分子生物学杂志301（1）：117-128·doi:10.1006/jmbi.000.3951 [3] Benenson Y、Paz-Elizur T、Adar R、Keinan E、Livneh Z、Shapiro E（2001）由生物分子构成的可编程和自主计算机器。自然414:430–434·数字对象标识代码：10.1038/35106533 [4] Benenson Y、Gil Ben-Dor U、Adar R、Shapiro E（2004）用于基因表达逻辑控制的自主分子计算机。自然429:423–429·doi:10.1038/nature02551 [5] Braich RS、Chelyapov N、Johnson C、Rothemund PWK、Adleman L（2002）DNA计算机上20变量3-SAT问题的解决方案。科学296:499–502·数字对象标识代码：10.1126/science.1069528 [6] Bunka DHJ，Stockley PG（2006）《驯服者终于成熟了》。自然微生物评论4:588–596·doi:10.1038/nrmicro1458 [7] De Silva AP，McClenaghan ND（2004）《分子尺度逻辑门》。化学10:574–586·doi:10.1002/chem.200305054 [8] Famulok M（2004）《化学生物学：绿色荧光RNA》，《自然》430（7003）：976–977·数字对象标识代码：10.1038/430976a [9] Ginzinger DG（2002）《使用实时定量PCR进行基因量化：一种新兴技术成为主流。实验血液学30:503–512·doi:10.1016/S0301-472X（02）00806-8 [10] Grate D，Wilson C（1999），RNA转录物的激光介导的定点失活。美国国家科学院院刊96（11）：6131–6136·doi:10.1073/pnas.96.11.6131 [11] Hirabayashi M、Taira S、小林石S、Konishi K、Katoh K、Hiratsuka Y、Kodaka M、Uyeda TQP、Yumoto N、Kubo T（2006）孔雀石绿结合微管作为具有捕获/释放能力的孔雀石绿色适体选择性移动生物探针。生物技术生物工程94（3）：473–480·doi:10.1002/比特.20867 [12] Kolpashchikov DM，Stojanovic MN（2005）适配体结合状态的布尔控制。美国化学学会杂志127:11348–11351·doi:10.1021/ja051362f文件 [13] Li Y、John MARSt、Zhou X、Kim Y、Sinha U、Jordan RCK、Eisele D、Abemyor E、Elashoff D、Park N-H、Wong DT（2004）《口腔癌检测的唾液转录组诊断》。临床癌症研究10:8442–8450·doi:10.1158/1078-0432.CCR-04-1167 [14] 冈本A、田中K、斋藤I（2004）DNA逻辑门。美国化学学会杂志126:9458–9463·doi:10.1021/ja047628k文件 [15] Saghatelian A、Voelcker NH、Guckian KM、Lin VS-Y、Ghadiri MR（2003）《基于DNA的光子逻辑门：与、与和抑制》。美国化学学会杂志125:346–347·doi:10.1021/ja029000m [16] Stojanovic MN，Kolpashchikov DM（2004）《模块化适配体传感器》。美国化学学会杂志126（30）：9266–9270·doi:10.1021/ja032013t [17] Wang H，Hall JG，Liu Q，Smith LM（2001）基于结构特异性切割的DNA计算读出操作。国家生物技术19:1053–1059·doi:10.1038/nbt1101-1053 [18] Winfree E，Liu FR，Wenzler LA，Seeman NC（1998）二维DNA晶体的设计和自组装。自然394:539–544·doi:10.1038/28998 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。