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J.基尔巴萨。;博特菲尔德，R。;舒斯特，S。;科赫，I。

利用Petri网对人类细胞选择性剪接中的U1-snRNP组装途径进行建模。 （英语） Zbl 1158.92016年9月

计算。生物化学。 33，第1号，46-61（2009）。
摘要：剪接体过程的研究是目前分子生物学研究的热点。在选择性剪接的分子机制中，多蛋白RNA复合物——剪接体——发挥着至关重要的作用。为了理解选择性剪接的生物学过程，理解剪接体的生物发生是至关重要的。我们提出了人类剪接体亚单位U1调控组装途径的第一个抽象模型。使用Petri网，我们描述了它以逐步方式进行的高度有序组装。Petri网理论代表了一种数学形式主义，用于在不同抽象级别上对具有并发进程的系统进行建模和分析，并有可能将它们组合成统一的描述语言。确定Petri网静态和动态特性的方法有很多，可用于分析生化系统。此外，Petri网工具通常提供直观易懂的图形网络表示，这有助于实验学家和理论家之间的对话。
我们的Petri网模型涵盖了绑定、传输、信号传递和共价修饰过程。通过计算结构和行为Petri网属性及其在生物学方面的解释，我们验证了我们的模型，并使用它来更好地理解组装路径的复杂过程。我们可以使用表示网络中特殊路径的最小（T）不变量来解释基本网络行为。我们可以找到线性和循环路径。我们确定了代表网络中保守部分的P-不变量。网络的模拟表明了络合物在成熟过程中稳定性的重要性。我们可以证明，离解过快的配合物阻碍了完整U1-snRNP的形成。

引用于2文件

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
68问题85 并发和分布式计算的模型和方法（进程代数、互模拟、转换网等）
05C90年 图论的应用

关键词：

交替拼接;Petri网;U1 snRNP组装途径;t-不变量;MCT装置;p-不变量;监管网络

软件：

INA公司;元工具
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{J.Kielbassa}等人，计算。生物化学。33，第1号，46-61（2009年；兹bl 1158.92016）
全文： 内政部

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