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孔洞闭合模型揭示了细胞生物学中非线性退化扩散函数的指数。 (英语) Zbl 1453.92050

概述:细胞集体运动的连续数学模型通常涉及反应扩散方程,如Fisher-KPP方程,其中线性扩散项描述细胞运动,逻辑项描述细胞增殖。虽然Fisher-KPP方程及其推广是常见的,但这类模型的一个重大缺陷是,它们无法捕捉细胞入侵应用(如伤口愈合和肿瘤生长)中出现的移动前沿。另一种不太常见的方法是在模型中包括非线性退化扩散,例如在Porous-Fisher方程中,因为对应方程的解具有紧支撑,因此明确允许移动前沿。我们在这里考虑多孔Fisher方程的一个闭孔问题,其中最初有一个单连通区域()洞外人口非零,洞内人口为零。我们概述了自相似解(第二类)如何描述闭孔极限中的圆形和非圆形前沿。此外,我们提出了新的实验和理论证据,支持在细胞集体运动模型中使用非线性退化扩散。我们的方法涉及建立一个二维伤口愈合分析,该分析具有孔洞闭合问题的几何形状,细胞最初接种在孔洞外,孔洞随着细胞迁移和增殖而闭合。对于一类特定的成纤维细胞,最初矩形伤口的纵横比随着时间的推移而增加,因此伤口在闭合时变得更长、更薄;我们的理论分析表明,这种行为与非线性退化扩散是一致的,但不能用常用的线性扩散来捕获。这项工作很重要,因为它为细胞系中线性扩散的简并扩散提供了一个明确的测试,而不幸的是,标准的一维实验无法区分这两种方法。

MSC公司:

92立方厘米 细胞运动(趋化性等)
35K57型 反应扩散方程
35C06型 偏微分方程的自相似解决方案
92立方37 细胞生物学
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参考文献:

[1] Murray,J.D.,《数学生物学I:导论》(2002),斯普林格出版社·Zbl 1006.92001号
[2] Britton,N.F.,反应扩散方程及其在生物学中的应用(1986),学术出版社:伦敦学术出版社·Zbl 0602.92001号
[3] 特兰基略,R.T。;Murray,J.D.,成纤维细胞驱动的伤口收缩的连续模型:炎症调解,J.Theor。《生物学》,158135-172(1992)
[4] 奥尔森,L。;Sherrat,J.A。;Maini,P.K.,《成人皮肤伤口收缩和收缩组织位移剖面持久性的机械化学模型》,J Theor。生物学,17,113-128(1995)
[5] Murphy,K.E。;霍尔,C.L。;Maini,P.K。;McCue,S.W。;McElwain,D.L.S.,结合真实生长因子动力学的皮肤伤口闭合的纤维收缩机械化学模型,公牛。数学。《生物学》,741143-1170(2012)·Zbl 1237.92033号
[6] Gatenby,R.A。;Gawlinski,E.T.,癌症侵袭的反应-扩散模型,《癌症研究》,56,5745-5753(1996)
[7] Roose,T。;查普曼,S.J。;Maini,P.K.,无血管肿瘤生长的数学模型,SIAM Rev.,49,179-208(2007)·Zbl 1117.93011号
[8] Sherrat,J.A。;Chaplain,M.A.J.,《无血管肿瘤生长的新数学模型》,J.Math。《生物学》,43,291-312(2001)·Zbl 0990.92021号
[9] 贝克,R.E。;Simpson,M.J.,《不同纵横比细胞群体的集体细胞运动模型:扩散、增殖和行波》,《物理学A》,3913729-3750(2012)
[10] Jin,W。;沙阿·E.T。;彭宁顿,C.J。;McCue,S.W。;肖邦,L.K。;Simpson,M.J.,划痕分析的再现性受初始合流程度的影响:实验、建模和模型选择,J.Theoret。生物学,390136-145(2016)·Zbl 1343.92074号
[11] Maini,P.K。;McElwain,D.L.S。;Leavesley,D.,《伤口愈合试验中的行波》,应用。数学。莱特。,1755-580(2004年)·Zbl 1055.92025号
[12] Sherrat,J.A。;Murray,J.D.,《表皮伤口愈合模型》,Proc。R.Soc.B,241,29-36(1990)
[13] Sengers,B.G。;求你了,C.P。;Oreffo,R.O.C.,《用于骨骼再生的二维细胞扩散的实验表征和计算模型》,J.R.Soc.Interface,41107-1117(2007)
[14] 辛普森,M.J。;贝克·R·E。;McCue,S.W.,《具有可变细胞纵横比的集体细胞扩散模型:退化扩散模型的动机》,Phys。E版,83,第021901条,pp.(2011)
[15] 沃恩·D·J。;贝克·R·E。;Simpson,M.J.,《使用实验数据和信息标准指导数学生物学中反应扩散问题的模型选择》,布尔。数学。生物学,811760-1804(2019)·Zbl 1415.92041号
[16] 辛普森,M.J。;兰德曼,K.A。;休斯,B.D。;Fernando,A.E.,流动人口中尺度模式的模型,《物理学A》,389,1412-1424(2010)
[17] Jin,W。;Lo,K.Y。;周,S.E。;McCue,S.W。;Simpson,M.J.,《初始几何形状在伤口闭合实验模型中的作用》,《化学》。工程科学。,179, 221-226 (2018)
[18] 阿特金森,C。;路透社,G.E.H。;Ridler-Rowe,C.J.,一些非线性扩散方程的行波解,SIAM J.Math。分析。,12, 880-892 (1981) ·Zbl 0471.35042号
[19] De Pablo,A。;Sánchez,A.,《多孔-Fisher方程的行波行为》,《欧洲应用杂志》。数学。,9825-304(1998年)·Zbl 0920.35085号
[20] Harris,S.,《密度相关扩散的Fisher方程:特殊解》,J.Phys。A、 37、6267-6268(2004)·Zbl 1055.35059号
[21] 希尔霍斯特博士。;科尔斯纳,R。;Logakc,E。;Mimura,M.,具有简并扩散的Fisher方程的界面动力学,J.微分方程,2442870-2889(2008)·Zbl 1173.35075号
[22] 金·J·R。;McCabe,P.M.,关于快速非线性扩散的Fisher-KPP方程,Proc。R.Soc.伦敦。A、 4592529-2546(2003)·Zbl 1058.3510号
[23] 梅德韦杰夫,G.S。;小野,K。;Holmes,P.J.,退化Kolmogorov-Petrovski-Piskunov方程的行波解,欧洲期刊应用。数学。,14, 343-367 (2003) ·Zbl 1060.35052号
[24] Newman,W.I.,《种群遗传学和燃烧中非线性扩散问题的一些精确解》,J.Theoret。《生物学》,85,325-334(1980)
[25] Sánchez-Garduño,F。;Maini,P.K.,一些简并反应扩散方程中的行波现象,J.微分方程,117,281-319(1995)·Zbl 0821.35085号
[26] Sherrat,J.A。;Marchant,B.P.,具有退化非线性扩散的Fisher方程中的非锐行波阵面,应用。数学。莱特。,9, 33-38 (1996) ·Zbl 0903.35026号
[27] Witelski,T.P.,多孔-Fisher方程的行波合并,应用。数学。莱特。,8, 57-62 (1995) ·Zbl 0830.35055号
[28] Ashby,W.J。;Zijlstra,A.,已建立和新颖的二维细胞迁移查询方法,Integr。生物学,41338-1350(2012)
[29] 北卡罗来纳州克莱默。;Walzl,A。;昂格,C。;Rosner,M。;Krupitza,G。;Hengstschlager,M。;Dolznig,H.,《体外细胞迁移和侵袭测定》,突变研究,752,10-24(2013)
[30] Treloar,K.K。;辛普森,M.J。;McElwain,D.L.S。;Baker,R.E.,细胞扩散率和细胞增殖率的体外评估是否对分析几何形状敏感?,J.西奥。生物学,356,71-84(2014)·Zbl 1412.92027号
[31] van den Brenk,H.A.S.,《哺乳动物伤口愈合中恢复性生长过程的研究》,实验外科,43,525-550(1956)
[32] Buck,R.C.,小鼠角膜上皮修复中的细胞迁移,Investig。眼科学。视觉。科学。,18, 767-784 (1979)
[33] Sheardown,H。;Cheng,Y.L.,角膜上皮伤口愈合机制,化学。工程科学。,51, 4517-4529 (1996)
[34] 谢毅。;南卡罗来纳州Rizzi。;道森·R。;Lynam,E。;理查兹,S。;Leavesley,D.I。;Upton,Z.,用于研究新型伤口愈合疗法的三维人体皮肤等效伤口模型的开发,组织工程C方法,16,1111-1123(2010)
[35] 托蒂,S。;艾伦比,M.C。;Brito Dos Santos,S.公司。;Mantalaris,A。;Velliou,E.G.,用于胰腺导管腺癌体外模拟的3D生物启发高孔聚合物支架系统,RSC Adv.,82098-20940(2018)
[36] Aronson,D.G。;Gravelau,J.,多孔介质方程聚焦问题的自相似解,《欧洲应用杂志》。数学。,4, 65-81 (1993) ·Zbl 0780.35079号
[37] Angenent,S.B。;Aronson,D.G.,径向对称多孔介质方程的聚焦问题,Comm.偏微分方程,20,1217-1240(1995)·Zbl 0830.35062号
[38] 阿伦森,D.G。;范登伯格,J.B。;Hulshof,J.,《聚焦多孔介质流动中指数和特征值的参数依赖性》,《欧洲应用杂志》。数学。,14, 485-512 (2003) ·Zbl 1052.76065号
[39] 贝特卢,S.I。;Aronson,D.G。;Angenent,S.B.,多孔介质方程二维收敛解的重整化研究,Physica D,138344-359(2000)·Zbl 0958.76088号
[40] Angenent,S.B。;Aronson,D.G。;贝特卢,S.I。;Lowengrub,J.S.,多孔介质流动中细长孔的聚焦,Physica D,151228-252(2001)·Zbl 0989.35082号
[41] 辛普森,M.J。;兰德曼,K.A。;Hughes,B.D.,《延时数据驱动的细胞侵袭与增殖机制》,Physica A,389,3779-3790(2010)
[42] Angenent,S.B。;Aronson,D.G.,收敛粘性重力流的中间渐近性,物理学。流体,7223-225(1995)·Zbl 0832.76020号
[43] Diez,J.A。;托马斯·L·P。;贝特卢,S。;格拉顿,R。;B.马里诺。;Gratton,J。;Aronson,D.G。;Angenent,S.B.,粘性重力流中的非圆形会聚流,物理学。E版,586182-6187(1998)
[44] 郑,Z。;Fontelos,医学硕士。;Shin,S。;Dallaston,M.C。;Tseluiko,D。;Kalliadasis,S。;Stone,H.A.,《修复毛细血管膜》,《流体力学杂志》。,838, 404-434 (2018) ·Zbl 1419.76062号
[45] 郑,Z。;Fontelos,医学硕士。;Shin,S。;Stone,H.A.,毛细管膜非线性调平的普遍性,物理学。流体版本,3(2018),032001(R)
[46] 艾格斯,J。;Fontelos,M.A.,《自相似性在偏微分方程奇异性中的作用》,非线性,22,R1-R44(2009)·Zbl 1152.35300号
[47] 艾格斯,J。;Fontelos,M.A.,《奇点:形成、结构和传播》(2015),剑桥大学出版社·Zbl 1335.76002号
[48] 金·J·R。;McCue,S.W.,《正交域和p-Laplacian增长》,《复杂分析》。操作。理论,3453-469(2009)·兹比尔1179.35351
[49] McCue,S.W。;King,J.R.,用幂律流体收缩Hele-Shaw细胞中的气泡,非线性,24613-641(2011)·Zbl 1215.35174号
[50] Dallaston,M.C。;McCue,S.W.,具有表面张力和动力学过冷调节的hele-shaw流中的气泡消光,非线性,261639-1665(2013)·Zbl 1268.76022号
[51] Dallaston,M.C。;McCue,S.W.,封闭区域内具有规定变化率的封闭嵌入平面曲线的曲线缩短流动规则,Proc。R.Soc.伦敦。序列号。数学。物理学。工程科学。,472,第20150629条pp.(2016)·Zbl 1371.53062号
[52] Treloar,K.K。;Simpson,M.J.,边缘检测方法对量化细胞迁移分析的敏感性,PLOS ONE,8,文章e67389 pp.(2013)
[53] 费尔南多,A.E。;兰德曼,K.A。;Simpson,M.J.,接触相互作用的非线性扩散和排斥过程,物理学。E版,81,第011903条pp.(2010)
[54] Jin,W。;彭宁顿,C.J。;McCue,S.W。;Simpson,M.J.,随机模拟工具和连续体模型,用于描述具有通用生长函数的二维集合细胞扩散,Phys。生物学,13,第056003条pp.(2016)
[55] Jin,W。;McCue,S.W。;Simpson,M.J.,异质种群的扩展逻辑增长模型,J.Theor。生物学,445,51-61(2017)·Zbl 1397.92164号
[56] Keller,E.F。;Segel,L.A.,趋化性模型,J.Theor。《生物学》,30,225-234(1971)·Zbl 1170.92307号
[57] 安德森,A.R.A。;Chaplain,M.A.J.,肿瘤诱导血管生成的连续和离散数学模型,公牛。数学。生物学,60,857-900(1998)·Zbl 0923.92011号
[58] 梅农,S.N。;弗莱格,J.A。;McCue,S.W。;R.C.舒加特。;Dawson,R.A。;McElwain,D.L.S.,《模拟正常和异常伤口愈合过程中角质形成细胞和成纤维细胞的相互作用》,Proc。R.Soc.B,2793329-3338(2012年)
[59] Johnston,S.T。;沙阿·E.T。;肖邦,L.K。;McElwain,D.L.S。;Simpson,M.J.,通过使用Fisher-Kolmogorov模型解释IncuCyte ZOOM({}^{TM})分析数据来估算细胞扩散率和细胞增殖率,BMC系统。生物学,9,38(2015)
[60] 辛普森,M.J。;兰德曼,K.A。;Newgreen,D.F.,《非均匀增长区域上的趋化和扩散迁移:数值算法开发和应用》,J.Compute。申请。数学。,192, 282-300 (2006) ·Zbl 1091.65094号
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