杜慧静;法拉利，玛格丽塔·玛丽亚;Heitsch，克莉丝汀;福雷斯特·赫尔利;克莉丝汀·门尼克。;布莱尔·沙利文。;徐斌 通过群落检测进行二级结构集成分析。 （英语） Zbl 1460.92155号 Segal，Rebecca（编辑）等人，《利用数学理解生物复杂性》。从细胞到种群。2019年6月17日至21日，美国加利福尼亚州洛杉矶加利福尼亚大学数学生物学女性合作研讨会论文集。查姆：斯普林格。女性数学协会。序列号。22, 55-81 (2021). 摘要：我们探索了用于社区检测的图形算法在多大程度上可以改进从预测的Boltzmann/Gibbs系综中挖掘被称为RNA二级结构的生物对象的结构信息。如前所述，开发、实现了一种新的计算管道，并与以前的方法进行了测试RNA结构分析。由于新方法被认为在75%的测试用例中提供了更多的结构信息，因此，该原则验证分析支持改进RNA二级结构集合的数据挖掘。关于整个系列，请参见[Zbl 1459.92003年]. MSC公司： 92D20型 蛋白质序列，DNA序列 关键词：RNA二级结构;吉布斯系综;玻尔兹曼概率;社区检测;图聚类;网络分析 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{H.Du}等人，女性数学协会。序列号。22、55-81（2021年；Zbl 1460.92155） 全文： 内政部 参考文献： [1] Caliánski，T。；Harabasz，J.，用于聚类分析的树枝晶方法，Commun。统计-理论方法，3，1，1-27（1974）·Zbl 0273.62010 ·doi:10.1080/03610927408827101 [2] 陈，CY；劳伦斯，CE；丁毅，Sfold Web服务器上的结构聚类特征，生物信息学，21，20，3926-3928（2005）·doi:10.1093/bioinformatics/bti632 [3] 克劳塞特，A。；MEJ纽曼；Moore，C.，《在非常大的网络中发现社区结构》，Phys。E版，70（2004）·doi:10.1103/PhysRevE.70.066111 [4] Cordasco，G。；Gargano，L.，通过半同步标签传播算法进行社区检测，国际社会网络杂志。Min.，1,3-26（2012）·doi:10.10504/IJSNM.2012.045103 [5] Crick，F.，《密码子-反密码子配对：摆动假说》，《分子生物学杂志》。，19, 2, 548-555 (1966) ·doi:10.1016/S0022-2836（66）80022-0 [6] 丁，Y。；陈，CY；劳伦斯，CE，通过玻尔兹曼加权系综中质心预测RNA二级结构，RNA，11，8，1157-1166（2005）·doi:10.1261/rna.2500605 [7] 丁，Y。；陈，CY；劳伦斯，CE，RNA二级结构的聚类与信使RNA的应用，分子生物学杂志。，359, 3, 554-571 (2006) ·doi:10.1016/j.jmb.2006.01.056 [8] 丁，Y。；劳伦斯，CE，RNA二级结构预测的统计抽样算法，核酸研究，31，24，7280-7301（2003）·数字对象标识代码：10.1093/nar/gkg938 [9] Giegerich，R。；伏安，B。；Rehmsmeier，M.，RNA的抽象形状，核酸研究，32，16，4843-4851（2004）·doi:10.1093/nar/gkh779 [10] Girvan，M。；Newman，MEJ，《社会和生物网络中的社区结构》，Proc。国家。阿卡德。科学。美国，99，7821-7826（2002）·Zbl 1032.91716号 ·doi:10.1073/pnas.122653799 [11] AA哈格伯格；DA舒尔特；斯瓦特，PJ；瓦洛奎，G。；Vaught，T。；Millman，J.，《使用NetworkX探索网络结构、动力学和功能》，第七届Python科学会议论文集，11-15（2008），美国加利福尼亚州：美国加利福尼亚州帕萨迪纳 [12] 黄，J。；Voß，B.，基于折叠空间抽象的RNA动力学分析，BMC生物信息学，15，60（2014）·doi:10.1186/1471-2105-15-60 [13] Kerpedjiev，P。；锤子，S。；Hofacker，IL，Forna（强制定向RNA）：简单有效的在线RNA二级结构图，生物信息学，31，20，3377-3379（2015）·doi:10.1093/bioinformatics/btv372 [14] Lenz，D.H.，Mok，K.C.，Lilley，B.N.，Kulkarni，R.V.，Wingreen，N.S.，Bassler，B.L.：小RNA伴侣Hfq和多个小RNA控制哈维弧菌和霍乱弧菌的群体感应。细胞117（1），69-82（2004） [15] McCaskill，JS，RNA二级结构的平衡配分函数和碱基对结合概率，生物聚合物：生物分子的原始研究，29，6-7，1105-1119（1990）·doi:10.1002/bip.36290621 [16] Nussinov，R。；捷克共和国。；格里格斯，JR；Kleitman，DJ，回路匹配算法，SIAM J.Appl。数学。，35, 1, 68-82 (1978) ·Zbl 0411.92008号 ·数字对象标识代码：10.1137/0135006 [17] Pérez-Reytor，D.e.a.：非编码调节RNA在人类致病性弧菌毒力中的作用。前面。微生物。7 (2017) [18] Pferschy，美国。；Schauer，J.，带析取约束的最大流问题，J.Comb。最佳。，26, 1, 109-119 (2013) ·Zbl 1275.90120号 ·doi:10.1007/s10878-011-9438-7 [19] 罗杰斯，E。；Heitsch，CE，《剖析小RNA揭示玻尔兹曼系综中的多模亚结构信号》，《核酸研究》，42，22，e171-e171（2014）·doi:10.1093/nar/gku959 [20] Schaeffer，SE，图聚类，《计算机科学评论》，1，27-64（2007）·Zbl 1302.68237号 ·doi:10.1016/j.cosrev.2007.05.001 [21] 香农，CE，通信数学理论，贝尔系统技术期刊，27，3，379-423（1948）·Zbl 1154.94303号 ·doi:10.1002/j.1538-7305.1948.tb01338.x [22] 斯特芬，P。；伏安，B。；Rehmsmeier，M。；Reeder，J。；Giegerich，R.，《RNAshapes:基于抽象形状的综合RNA分析包》，生物信息学，22，4，500-503（2005）·doi:10.1093/bioinformatics/btk010 [23] Tu，K.C.，Bassler，B.L.：在哈维弧菌中，多个小RNA会起到额外作用，以整合感官信息并控制群体感应。基因开发21，221-233（2007） [24] 特纳，DH；Mathews，DH，NNDB：预测核酸二级结构稳定性的最近邻参数数据库，核酸研究，38，补充1，D280-D282（2010）·doi:10.1093/nar/gkp892 [25] 特纳，DH；杉本，N。；Freier，SM，RNA结构预测，年度。生物物理学评论。生物物理学。化学。，17, 1, 167-192 (1988) ·doi:10.1146/annurev.bb.17.060188.001123 [26] 沃特曼，理学硕士；Smith，TF，RNA二级结构：完整的数学分析，数学。生物科学。，42，3-4，257-266（1978年）·Zbl 0402.92016年 ·doi:10.1016/0025-5564（78）90099-8 [27] 沃森，JD；Crick，FH，《核酸的分子结构》，《自然》，171，4356，737-738（1953）·数字对象标识代码：10.1038/171737a0 [28] Wuchty，S。；Fontana，W。；伊利诺伊州霍法克；Schuster，P.，RNA的完全次优折叠和二级结构的稳定性，生物聚合物：生物分子的原始研究，49，2，145-165（1999）·doi:10.1002/（SICI）1097-0282（199902）49:2<145:：AID-BIP4>3.0.CO；2-G型 [29] Zuker，M.：RNA结构的计算机预测。摘自：《酶学方法》，第180卷，第262-288页。爱思唯尔（1989）·Zbl 0681.92011号 [30] Zuker，M.，《关于发现RNA分子的所有次优折叠》，《科学》，2444900，48-52（1989）·Zbl 1226.92029号 ·doi:10.1126/science.2468181 [31] Zuker，M.，Mathews，D.H.，Turner，D.H.:RNA二级结构预测的算法和热力学：实用指南。摘自：RNA Biochem Biotechtol，第11-43页。斯普林格（1999） [32] Zuker，M。；Stiegler，P.，《利用热力学和辅助信息优化大RNA序列的计算机折叠》，《核酸研究》，9，1，133-148（1981）·doi:10.1093/nar/9.1.133 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。