巴贝尔·沙赫拉尔;莱昂·格拉斯;罗伊·威尔兹;罗德·爱德华兹 复杂开关网络分段线性和连续模型中的动力学。 (英语) Zbl 07313344号 数学。计算。模拟。 110, 33-39 (2015). 摘要:基因的活性是由一种叫做转录因子的化学物质的浓度以组合方式控制的。我们通过在微分方程中嵌入逻辑切换网络形成的分段线性微分方程来对这类网络进行建模。我们通过用sigmoid控制函数替换分段线性方程中的阶跃函数间断来生成连续非线性方程。随着S形函数变得陡峭,连续方程逼近分段线性微分方程。我们对一个具有特别有趣和复杂行为的四维示例的连续和分段线性方程组进行了数值研究,表明随着σ变陡,连续方程中的动力学接近分段线性方程中的那些动力学。 引用于三文件 MSC公司: 34-XX年 常微分方程 37倍X 动力系统与遍历理论 关键词:分段线性方程;混沌动力学;遗传网络 软件:自动-07P;AUTO(自动) PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{P.Shahrard}等人,数学。计算。模拟。110,33-39(2015年;兹bl 07313344) 全文: 内政部 参考文献: [1] 阿尔伯特·R。;柯林斯,J.J。;Glass,L.,《焦点问题导论:遗传网络的定量方法》,混沌,23,025001(2013)·Zbl 1331.92049号 [2] Bérenguier,D。;Chaouiya,C。;蒙特罗,P.T。;Naldi,A。;雷米,E。;蒂夫里,D。;Tichit,L.,大型细胞调控网络的动力学建模与分析,混沌,23,025114(2013)·Zbl 1331.37134号 [3] Chaves,M。;阿尔伯特·R。;Sontag,E.D.,遗传调控网络布尔模型的稳健性和脆弱性,J.Theor。《生物学》,235,431-449(2005)·Zbl 1445.92173号 [4] 杜德尔,E.J。;Champneys,A.公司。;费尔格雷夫,T。;库兹涅佐夫,Y。;奥尔德曼,B。;Paffenroth,R。;桑斯特德,B。;王,X。;Zhang,C.,AUTO-07P:常微分方程的连续和分岔软件(2006),加拿大蒙特利尔协和大学 [5] Edwards,R.,《连续时间交换网络分析》,Physica D,146,165-199(2000)·Zbl 0986.94051号 [6] Edwards,R.,《具有硬开关的神经和基因网络中的混沌》,Diff.Eq.Dyn。系统。,9, 187-220 (2001) ·Zbl 1231.37051号 [7] 爱德华兹,R。;Farcot,E。;Foxall,E.,玻璃网络中混沌吸引子的显式构造,混沌孤子分形,45666-680(2012)·Zbl 1297.37043号 [8] 格斯坦,M.B。;Kundaje,A。;Hariharan,M。;Landt,S.G。;Yan,K.K。;Cheng,C。;Mu,X.J。;Khurana,E。;Rozowsky,J。;Alexander,R.,《源自编码数据的人类调节网络架构》,《自然》,489,91-100(2012) [9] Glass,L.,《生物网络的定性动力学分类》,J.Theor。生物学,54,85-107(1975) [10] Glass,L.,非线性化学动力学中的组合和拓扑方法,J.Chem。物理。,63, 1325-1335 (1975) [11] 玻璃,L。;考夫曼,S.A.,《连续非线性生化控制网络的逻辑分析》,J.Theor。生物学,39,103-129(1973) [12] 玻璃,L。;Pasternack,J.S.,生物振荡数学模型中极限循环的预测,Bull。数学。《生物学》,40,27-44(1978) [13] 玻璃,L。;Pasternack,J.S.,《生物控制系统数学模型中的稳定振荡》,J.Math。生物学,6207-223(1978)·Zbl 0391.92001号 [14] 考夫曼,S.A.,《秩序的起源:进化中的自我组织和选择》(1993),牛津大学出版社:牛津大学出版社,纽约 [15] 刘易斯,J.E。;Glass,L.,《复杂生物网络模型中的稳态、极限环和混沌》,国际期刊《分岔》。《混沌》,1477-483(1991)·Zbl 0900.92006号 [16] 刘易斯,J.E。;Glass,L.,神经网络的非线性动力学和符号动力学,神经计算。,4, 621-642 (1992) [17] 卢,L。;Edwards,R.,《玻璃网络中周期轨道的结构原理》,J.Math。《生物学》,60,513-541(2010)·Zbl 1311.92122号 [18] 卢,L。;Edwards,R.,《玻璃网络中复杂动力学的结构原理》,国际期刊《分岔》。《混沌》,21,237-254(2011)·Zbl 1208.34073号 [19] 梅斯特尔,T。;莱梅,C。;Glass,L.,《高维神经和基因网络中的混沌》,Physica D,98,33-52(1996)·Zbl 0890.58054号 [20] 普拉特,E。;Kjöglum,S.,《具有分级响应功能的基因调控网络的分析和一般属性》,Physica D,201,150-176(2005)·Zbl 1078.34015号 [21] 托马斯·R。;D'Ari,R.,《生物反馈》(1990),CRC出版社:佛罗里达州博卡拉顿CRC出版社·Zbl 0743.92003号 [22] Wilds,R。;Glass,L.,《鲁棒、稳定、高维极限环图谱》,国际分岔杂志。《混沌》,19405-4096(2009)·Zbl 1183.34043号 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。