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阿维夫·雷格夫;叶卡捷琳娜·帕尼娜。;威廉·西尔弗曼;卢卡·卡德利;埃胡德·夏皮罗

生物环境：生物隔间的抽象。 （英语） Zbl 1069.68569号

西奥。计算。科学。 325，第1期，第141-167页（2004年）.
摘要：由蛋白质网络组成的生物分子系统是活细胞主要功能的基础。隔间是组织此类系统的关键。我们之前已经使用（φ）-演算过程代数开发了生物分子系统的抽象，它成功地处理了它们的分子和生物化学方面，但只提供了有限的用于表示隔室的解决方案。在这项工作中，我们将此抽象扩展到处理隔间。我们受到环境演算的启发，环境演算是一种用于通过计算域指定进程位置和移动的进程代数。我们提出了BioAmbients演算，该演算适用于表示分子定位和分区的各个方面，包括分子在分区之间的运动、细胞分区的动态重排以及在分区环境中分子之间的相互作用。在微积分的指导下，我们调整了BioSpi模拟系统，为分子和细胞的划分提供了一个扩展的模块化框架，并使用它来建模和研究复杂的多细胞系统。

引用于1审查
引用于112文件

MSC公司：

第68季度85 并发和分布式计算的模型和方法（进程代数、互模拟、转换网等）
92碳40 生物化学、分子生物学
92E20型 化学中的经典流动、反应等

关键词：

生物;\（\phi\）-微积分;环境微积分;生物环境;建模;模拟

软件：

生物SPI;TRANSFAC公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{A.Regev}等人，Theor。计算。科学。325，第1号，141--167（2004；Zbl 1069.68569）
全文： 内政部

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