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局部DNA计算电路的自动设计和验证。 (英语) Zbl 1404.68076号

安德鲁·菲利普斯(编辑)等人,《DNA计算和分子编程》。第21届国际会议,DNA 21,美国马萨诸塞州波士顿和剑桥,2015年8月17日至21日。诉讼程序。查姆:施普林格(ISBN 978-3-319-21998-1/pbk;978-3-3169-21999-8/电子书)。计算机科学讲座笔记9211,168-180(2015)。
小结:利用DNA单链分子之间的相互作用可以进行简单的计算。这些相互作用通常是在混合良好的溶液中保持介导的链置换反应。我们证明了带有栓系反应物的DNA电路是一个分布式系统,并说明了如何将其描述为随机Petri网。该系统可以通过将Petri网映射到连续时间马尔可夫链来进行验证,也可以用于寻找电路的优化设计。这个理论机器可以用于创建自动设计DNA电路的软件,将抽象命题公式链接到能够对其进行评估的物理DNA计算系统。
关于整个系列,请参见[Zbl 1320.68026号].

MSC公司:

60年第68季度 规范和验证(程序逻辑、模型检查等)
2005年第68季度 计算模型(图灵机等)(MSC2010)
92D20型 蛋白质序列,DNA序列
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部

参考文献:

[1] 巴思,J。;绿色,SJ;Turberfield,AJ,一个由缺口酶驱动的自由运行的DNA马达,Angew。化学。,117, 4432-4435 (2005) ·doi:10.1002/天使.200501262
[2] Benenson,Y。;吉尔·B。;Ben-Dor,U。;阿达尔·R。;Shapiro,E.,用于基因表达逻辑控制的自主分子计算机,《自然》,429423-429(2004)·doi:10.1038/nature02551
[3] Dannenberg,F。;Kwiatkowska,M。;Thachuk,C。;AJ Turberfield公司;Soloveichik,D。;Yurke,B.,《DNA行走电路:计算潜力、设计和验证》,DNA计算和分子编程,31-45(2013),海德堡:施普林格·Zbl 1409.68099号 ·doi:10.1007/978-3-319-01928-43
[4] 乔伊纳博士。;乔提克,O。;默勒,A。;比利时格兰杰,开源计算机代数系统:SymPy,ACM Commun。计算。代数,45225-234(2011)·Zbl 1305.68357号 ·doi:10.1145/2110170.2110185
[5] Kwiatkowska,M。;诺曼,G。;帕克,D。;Gopalakrishnan,G。;Qadeer,S.,PRISM 4.0:概率实时系统验证,计算机辅助验证,585-591(2011),海德堡:施普林格·doi:10.1007/978-3642-22110-147
[6] 拉金,MR;Youssef,S。;马球,F。;埃莫特,S。;Phillips,A.,《可视化DSD:DNA链置换系统的设计和分析工具》,生物信息学,273211-3213(2011)·doi:10.1093/bioinformatics/btr543
[7] 拉金,MR;彼得森,R。;格雷,KE;菲利普斯,A。;Murata,S。;Kobayashi,S.,栓系DNA电路的抽象建模,DNA计算和分子编程,132-147(2014),海德堡:施普林格·Zbl 1423.68172号
[8] 菲利普斯,A。;Cardelli,L.,《可组合DNA电路的编程语言》,J.R.Soc.Interface,6,S419-S436(2009)·doi:10.1098/rsif.2009.0072.focus
[9] Rothemund,PWK,折叠DNA以创建纳米级形状和图案,Nature,440297-302(2006)·doi:10.1038/nature04586
[10] 瑞士法新社威克姆;巴思,J。;Katsuda,Y。;恩多,M。;Hidaka,K。;杉山,H。;Turberfield,AJ,一种可以在轨道网络中导航的基于DNA的分子马达,Nat.Nanotechnol。,7, 169-173 (2012) ·doi:10.1038/nnano.2011.253
[11] 尹,P。;AJ Turberfield公司;萨胡,S。;Reif,JH;费雷蒂,C。;毛里,G。;Zandron,C.,《能够进行通用计算和通用平移运动的自主DNA纳米机械装置的设计》,DNA计算,426-444(2005),海德堡:斯普林格,海德伯格·doi:10.1007/11493785_37
[12] JN扎德;Steenberg,CD;Bois,JS;沃尔夫,BR;皮尔斯,MB;汗,AR;德克斯,RM;皮尔斯,NA,NUPACK:核酸系统的分析和设计,J.Compute。化学。,32, 170-173 (2011) ·doi:10.1002/jcc.21596
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