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有效计算lod分数:基因型消除、基因型重新定义和混合最大似然算法。 (英语) Zbl 0663.92009号

多点lod分数的计算在数值分析、组合学、编程和遗传学中提出了具有挑战性的问题。通过利用由核心家庭加上所有四位祖父母组成的CEPH型谱系的简单谱系结构,可以加速这些计算。G.M.Lathrop公司,J.M.拉鲁埃尔R.L.怀特【遗传学流行病学3,39-52(1986)】引入了似然因子分解和转换规则E.S.Lander公司P.绿色【Proc.Natl.Acad.Sci.USA 84,2363-2367(1987)】采用“隐马尔可夫链”方法。本文探索了一种基于祖父母基因型重新定义和所有谱系成员系统相位消除的替代方法。这三种方法都加快了单个可能性的计算。与多点映射同样相关的是寻找重组分数最大似然估计的搜索策略。以EM算法开始并中途转换为准牛顿算法的混合算法显示出了前景。这些问题是在一个模拟的10个基因座的例子中进行研究的。同一个例子使我们能够说明一种确定基因座顺序的简单策略。

MSC公司:

92D10型 遗传学和表观遗传学
62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用;元分析
65C99个 概率方法,随机微分方程
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全文: 内政部

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