OneDep存款系统之旅

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我们欢迎您对OneDep存款系统和本教程的反馈。请告知我们说明书是否需要澄清,或者您在沉积期间是否遇到问题deposit-help@mail.wwpdb.org.

视频教程

X射线沉积:文件上传、验证并提供强制性信息

配体沉积:审查并确认建议的配体匹配

配体沉积:如何提供强制性化学信息

PDBx/mmCIF数据标准和PDB数据存储

PDB中的小分子

OneDep和小分子教程



教程:使用wwPDB OneDep系统

对于坐标沉积:

  1. 顶层沉积页面位于http://deposit.wwpdb.org/deposition网站/有两个功能:左侧面板用于使用沉积ID和密码登录系统,右侧的主面板可用于启动新沉积。开始新的存款时,存款人的原籍国必须在场,以便提供最佳支持。填写表格并选择“开始存款”后,将通过电子邮件向存款人发送存款ID和密码(存款人可以选择创建自己的或让系统创建一个)。
  2. 存款ID和密码可用于使用左侧面板登录存款系统。登录时,存款ID显示在页面顶部。进入沉积系统后,从左侧导航面板中选择“File upload”(文件上传)选项,上传坐标和结构因子文件(用于X射线结构)。上传文件后,从下拉菜单中选择相应的文件类型。
  3. 启动文件上传后,开始初始验证计算。验证完成后,存款人将收到电子邮件通知。验证完成后,可以在导航面板底部的“验证报告”下查看验证报告。
  4. 强烈建议您仔细查看“上传摘要”页面,因为它指示哪些数据已上传并正确解释。
  5. 使用左侧导航面板在不同的数据输入页面之间移动。
    1. 黄色图标表示包含相关数据输入页面的文件夹。单击图标将打开和关闭文件夹。
    2. 红色感叹号图标表示需要输入强制数据的页面。这些必填项将以红色显示。建议您也填写尽可能多的非必填字段。
    3. 绿色复选标记表示页面上的所有必填数据项都已输入。
    4. 可以在每个条目页面上查看和编辑数据。
    5. 带有红色框和警告文本的数据字段必须在提交之前进行更正。
    6. 带有黄色框和警告文本的数据字段表示输入了异常值,应进行检查。
  6. 输入数据时,系统会自动检查提交所需的最低必填项列表。在左侧导航面板中,两个栏指示沉积的完整性百分比:
    1. 这个提交按钮按提交的强制数据项的百分比进行着色。单击此栏将提供缺少的必填项的列表。当按钮完全为绿色时,可以提交条目。
    2. 这个提供的数据按钮以提供的所有可能数据项的百分比为阴影。
  7. 要查看序列信息,请从“大分子”文件夹中选择一个分子页面。本页包含有关大分子来源的摘要信息,并报告作者提供的样本序列和坐标序列之间序列一致性检查的结果。如果存在差异,存款人必须提供纠正的样本序列或纠正差异的新坐标文件。
  8. 要查看配体信息,请从左侧导航面板中选择“配体”页面。本页报告了上传坐标文件中配体与化学成分词典(CCD)的比较。当发现完全匹配时,无需进一步操作。如果存在密切匹配,则必须审查系统发现的可能匹配。如果CCD中没有匹配项,或者如果目标和最接近的匹配项之间存在化学差异,存款人需要(a)提供CCD中存在的替代配体的三位字母代码,(b)提供配体的SMILES或InChI字符串,或者(c)上传配体的化学图。还有一个附加选项可以上传细化单体库文件。
  9. 坐标和实验数据文件可以在提交之前的任何时候使用导航面板上的“替换上传”页面进行替换。
  10. 导航面板上的“通信”页面应用于与wwPDB的所有通信。此页面将存储与沉积相关的所有消息。
  11. 提交之前,存款人必须同意“概要和条件”页面上列出的条款和条件。
  12. 存款人还需要审查“验证报告”页面上的初始验证报告,并表明其接受。
  13. 捕获所有必填项后(所有页面在导航菜单上显示绿色复选标记),左上角的“提交沉积”按钮将完全变为绿色,表示可以提交条目。
  14. PDB生物处理人员发送的处理过的文件和验证报告可在“通信”页面下载和审查。

对于NMR特定沉积:


存款起始页

在沉积开始时,存款人将被要求提供有关用于确定结构的实验方法的信息。

对于包含坐标文件的核磁共振沉积,选择“溶液核磁共振”或“固态核磁共振”作为实验方法。一旦选择了“溶液核磁共振”或“固态核磁共振”作为实验方法,您将看到关于是否放置坐标和/或实验数据的问题。回答问题后,将自动选中PDB和BMRB复选框以获取相应的登录代码。按“开始沉积”按钮启动沉积会话。

对于不包括坐标文件的核磁共振沉积,选择“溶液核磁共振”或“固态核磁共振”作为实验方法,然后会问您“您是否在提交的文件中放置坐标?”。选择“No,experimental data only”(否,仅实验数据),您将看到BMRB是唯一请求的登录代码,屏幕底部将显示“Deposit NMR data at BMRB”(在BMRB存放NMR数据)按钮。单击按钮后,您将被重定向至BMRB沉积开始页面。请注意,如果您仅进行BMRB沉积,则以后相关坐标的沉积将需要进行额外的、新的仅PDB沉积。


文件上传要求

必须上传这些文件:

  • 坐标
  • 约束
  • 化学位移

鼓励存款人上传以下文件:

  • 峰值列表


核磁共振沉积物的文件上传检查

在文件上传过程中,将执行以下检查:

  1. 对坐标文件执行一致性检查,以确保每个模型具有相同的化学性质(相同的原子)。
  2. 对化学位移文件进行化学位移值检查。
  3. 对化学位移和坐标文件执行原子命名检查。

如果这些检查产生任何警告或错误,将按以下方式报告:

警告消息:上传文件时遇到的警告将显示在“模型坐标和数据文件的文件格式验证”窗口中。对于NMR条目,警告消息提供了有关超出可接受范围的化学位移值的信息。提供警告信息供存款人审查,并根据需要进行核实或更正。

错误消息:文件上传时遇到的错误将显示在两个位置:(1)在按下“文件上传”页面上的“填充”或“重新填充”按钮后出现的诊断屏幕上(以红色齿轮的图形为首),以及(2)在沉积界面的“上传摘要”页面上。对于NMR条目,错误消息会突出显示必须更正的原子命名问题。如果存在错误,则必须在沉积完成之前上传新的坐标和/或化学位移文件。

将核磁共振数据输入沉积界面

对于核磁共振沉积,最好从左侧导航面板的顶部开始输入信息,然后逐页按顺序向下输入,因为后面页面上的某些值(导航面板上的下部)取决于前面页面上输入的信息(导航面板中的上部)。

特别是,在完成核磁共振实验部分和核磁共振软件部分中的强制性数据项之前,无法完成化学位移连接页。化学位移连接页面将用于分配化学位移的数据与其他核磁共振部分中包含的信息链接起来,即化学位移文件名称、化学位移参考、核磁共振样品、样品条件、核磁共振实验和软件。

此外,当上传NMR峰列表文件时,谱峰列表部分成为必需的。

对于电子显微镜体积图沉积:

文件上传要求

必须上传以下文件:

  1. 主贴图(.mrc或.ccp4格式,可以使用gzip或bzip2压缩)以及体素大小和建议的轮廓级别
  2. 地图图像(500 x 500像素,.jpg、.png等格式)
EMDB鼓励上传这些附加文件:
  1. 半幅地图(用于FSC计算;必须上传两幅地图)
  2. 其他地图
  3. FSC曲线
  4. 图层线数据
  5. 结构系数数据
所有这些文件都在EMDB条目发布后公开。

EMDB映射沉积的大分子页面

存款人可以提供样本序列信息以及适当的UniProt和/或GenBank参考。对于地图沉积(未提供坐标),序列信息是可选的。

电子显微镜实验的样本信息

电子显微镜实验中使用的样品及其来源的信息以分级方式收集。示例如下:

  1. 整体样品描述:核糖体
    1. 子组件:50S核糖体大亚基
      1. 子组件:5S rRNA
      2. 子组件:23S rRNA
      3. 子组件:SeC6系列
      4. 子组件:50S核糖体蛋白L4
    2. 子组件:30S小核糖体亚基
      1. 子组件:16S rRNA
      2. 子组件:电子标签2
      3. 子组件:30S核糖体蛋白S1
      4. 子组件:30S核糖体蛋白S2

注:可以根据需要添加和/或删除子组件,但删除子组件将导致删除所有子组件(例如,从上例中删除b也将删除i、ii.、iii.和iv.)。

实验信息

沉积界面中的“EM实验”文件夹中有五个部分。这些部分中的每一部分都包含链接到其他实验部分以及返回到整体样本描述及其子组件的数据项(参见上一节)。因此,建议在将实验信息输入“EM实验”部分之前,完成整个样品描述和任何必要的子组件。此外,还建议从上到下依次完成实验部分。

关于每个小节的详细信息如下。请注意,大多数实验部分都有必填项,必须在最终确定和提交沉积之前填写。

  1. 试样制备。本节包括关于样品玻璃化、染色、嵌入和阴影的信息,以及关于样品网格及其预处理、薄膜支撑和晶体形成(如适用)的详细信息。
  2. 显微镜。本节包含有关用于数据采集的显微镜的综合信息,包括电子源、样品架、能量过滤器等,以及显微镜设置和用于每个成像过程的其他参数(放大率、离焦、校准程序等)。单击“显微镜”页面底部的“+”按钮,可以在沉积界面中包含多个成像会话。
  3. 图像录制。本节包含有关探测器或用于图像记录的其他设备的信息,包括探测器的物理特性和图像采集方式,例如,捕获期间和捕获后的数据处理、图像数量、电影帧采集速率等。如“显微镜”如果使用多个探测器进行图像记录,则可以使用“+”。
  4. 重建。本节详细介绍了从二维图像生成三维地图的方法,包括粒子选择、分类、对齐、角度指定和重建。可以包含有关多个重建的信息。
  5. 拟合解释。本节提供了有关将预先存在的原子坐标和/或从头算模型拟合到地图(如果适用)的信息。可以添加多个配件实例(通过单击页面底部的“+”按钮),如果需要,每个实例可以容纳多个启动模型。可以提供的其他详细信息包括用于生成最终模型的任何模型构建、管件和/或优化的软件和设置。