名称2

NAMD2:并行分子动力学更大的可扩展性。分子动力学程序模拟生物分子系统的行为,从而理解它们的功能。然而,这种模拟的计算复杂性是巨大的。并行计算机为解决这一计算难题提供了可能。为了利用这一潜力,有必要开发一个可扩展的程序。应用程序领域的程序员也必须容易地修改程序。本文介绍的NAMD2程序旨在提供这些理想的特性。它采用空间分解和力分解相结合的方法来提高可伸缩性。它采用智能周期性负载平衡,最大限度地利用可用的计算能力。它采用模块化组织,并使用并行C++方言Charm++实现,以增强其可修改性。它结合了数值技术和算法,以确保能量漂移最小化,确保长时间运行计算的准确性。parnamd2使用一个称为Converse的可移植运行时框架,该框架还支持多个并行范例之间的互操作性。因此,应用程序的不同组件可以用最合适的并行范例编写。NAMD2运行在大多数并行计算机上,包括工作站集群,在220个处理器上的加速超过180。本文还描述了在一些基准应用程序上获得的性能。


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