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奥科蒂洛

swMATH ID: 9292
软件作者: Goldman,Deborah;Istrail,Sorin;朱塞佩·兰西亚;安东尼奥·皮科波尼;布莱恩·瓦伦茨
描述: 组合化学中的算法策略。组合化学是药物设计和分子识别领域的一项强有力的新技术。这是一种湿法实验室方法,旨在“大规模平行”筛选化合物,以发现具有特定生物活性的化合物。该方法的强大之处在于实验设计和计算建模之间的相互作用。“合理”药物设计原则用于构建组合库,以加快发现具有所需生物活性的先导化合物,针对药物发现组合库设计中出现的问题进行软件开发和计算复杂性分析。我们为几个与组合库设计相关的反问题(表示为(化学)图重建问题)提供了精确的多项式时间算法和难解的结果。这些是文献中第一个严格的算法结果。我们还展示了我们的组合化学软件包OCOTILLO使用实际数据库进行组合肽设计的结果。该软件包提供了基于最短路径拓扑指数的一般反问题的精确解。我们的结果在准确性和计算时间方面都优于文献中发表的最佳软件报告。对于5-肽设计,计算严格简化为搜索空间约2%的穷举搜索;几分钟内就能找到精确的解。
主页: http://www.osi.gov/scitech/biblio/761850
关键词: 维纳指数;组合库;药物发现;图重建问题;组合化学软件包;肽设计
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引用于: 10出版物

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