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洞穴

swMATH ID: 9282
软件作者: 贾恩·布萨;Hayryan,Shura;胡金坤;雅罗斯拉夫·斯科瓦内克;吴明霞
描述: CAVE:一种用于检测和定量分析重叠球系统内腔的软件包:应用于蛋白质。我们用Fortran语言开发了一个软件包(CAVE)来检测蛋白质中的内腔,该软件包也可以应用于任意的球系统。可以计算空腔的体积、表面积和其他定量特征。该代码基于最近建议的包络三角剖分算法[J.Buša等人,J.Comp.Chem.30,346 ff(2009)],用于通过分析方程计算腔体的体积和表面积。可以使用不同的原子半径标准集。包含原子坐标的PDB兼容文件必须提前存储在磁盘上。对不同蛋白质和人工球系统的代码测试表明了算法的效率和准确性。这个程序很快。它可以在当代电脑上处理数千个以秒为单位的球的系统。该代码是开源和免费的。
主页: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010465510003395
关键词: 排除的体积;三角测量;Fortran包;SMMP公司;ARVO公司
相关软件: ARVO公司;SURFNET公司;VADAR公司;SMMP公司;CMPGRD公司;SimWall公司;高等教育发展计划;;ParaView视图;CAVE-CL型;开放运算语言
引用于: 3文件

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