洞穴 swMATH ID: 9282 软件作者: 贾恩·布萨;Hayryan,Shura;胡金坤;雅罗斯拉夫·斯科瓦内克;吴明霞 描述: CAVE:一种用于检测和定量分析重叠球系统内腔的软件包:应用于蛋白质。我们用Fortran语言开发了一个软件包(CAVE)来检测蛋白质中的内腔,该软件包也可以应用于任意的球系统。可以计算空腔的体积、表面积和其他定量特征。该代码基于最近建议的包络三角剖分算法[J.Buša等人,J.Comp.Chem.30,346 ff(2009)],用于通过分析方程计算腔体的体积和表面积。可以使用不同的原子半径标准集。包含原子坐标的PDB兼容文件必须提前存储在磁盘上。对不同蛋白质和人工球系统的代码测试表明了算法的效率和准确性。这个程序很快。它可以在当代电脑上处理数千个以秒为单位的球的系统。该代码是开源和免费的。 主页: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010465510003395 关键词: 排除的体积;三角测量;Fortran包;SMMP公司;ARVO公司 相关软件: ARVO公司;SURFNET公司;VADAR公司;SMMP公司;CMPGRD公司;SimWall公司;高等教育发展计划;铬;ParaView视图;CAVE-CL型;开放运算语言 引用于: 3文件 全部的 前5名10位作者引用 2 贾恩·布萨 2 Shura A.Hayryan。 2 胡金坤 2 吴明霞 1 贾恩·朱恩·布萨。 1 陈建军 1 雅罗斯拉夫·斯科伊瓦内克 1 谢丽君 1 郑、姚 1 邹建峰 2篇连载文章中引用 2 计算机物理通信 1 计算物理中的通信 在2个字段中引用 2 生物学和其他自然科学(92-XX) 1 流体力学(76-XX) 按年份列出的引文