RC-BLASTn公司 swMATH ID: 9014 软件作者： 达塔，S。；比拉卡，P。；R·萨斯。 描述： RC-BLASTn：BLASTn扫描功能的实现和评估。BLASTn是生物学家普遍使用的工具，用于识别基于核苷酸的生物基因组序列之间的相似性。本报告描述了一种硬件实现，旨在加速算法，保持NCBI开发的软件产生的相同结果。详细的配置文件研究确定Blast_Nt_Scan函数是算法的计算密集型部分。为此关键部分设计并实现了一个硬件组件。我们的重点是改进工作负载性能，而不是尝试在FPGA芯片上实现更多的计算。因此，硬件被设计为可以复制并放置在FPGA上，以减少多个短序列（查询）和主题数据库之间的初始比较延迟。测试表明，与在现代通用计算机上运行的软件相比，当前实现实现了大约4倍的加速，生成了相同的结果。 主页： http://ieeexplore.iee.org/xpl/login.jsp？tp=&arnumber=5290948 相关软件： SS-W记录器；爆炸；PSI-爆炸；DIALIGN公司；mpiBLAST公司；ScalaBLAST 引用于： 0个文档