猛禽 swMATH ID: 9002 软件作者： 徐，J。；李，M。；林·G。；Kim，D。；徐，Y。 描述： RAPTOR：线性规划的最佳蛋白质线程。本文提出了一种通过线程进行蛋白质三维结构预测的新型线性规划方法。基于蛋白质三维结构模板的接触图，将蛋白质线程问题表示为大规模整数规划（IP）问题。然后将IP公式放宽为线性规划（LP）问题，然后用标准分枝定界法求解。最终解相对于能量函数是全局最优的。特别是，我们的能量函数包括两两相互作用偏好和允许可变间隙，这是导致蛋白质穿线问题NP-hard的两个关键因素。一个令人惊讶的结果是，在大多数情况下，松弛线性程序直接生成积分解。我们的算法已通过运筹学技术作为软件包RAPTOR–RApid蛋白质线程实现。大规模褶皱识别基准测试表明，RAPTOR在褶皱相似性水平上明显优于其他程序。CAFASP3评估是蛋白质结构预测社区的一项盲公开测试，在折叠识别（FR）家族目标的识别能力和比对精度方面，RAPTOR在各个预测服务器中排名第一。RAPTOR在识别硬同源建模（HM）目标方面也表现得很好。滑铁卢大学实施了RAPTOR。 主页： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15290783 相关软件： GenThreader公司；CPLEX公司；爆炸；PSI-爆炸；FUGUE公司；贪婪BB；算法457；技术史学会；邦明；SND库；MIPLIB公司；协和式飞机；查姆；Pfam公司；集群C；X-PLOR公司；戴安娜；NPSOL公司；挑剔的；T-咖啡 引用于： 15文件 全部的 前5名33位作者引用 4 徐金波 三 鲁门·A·安多诺夫。 三 尼古拉·伊万诺夫·亚涅夫 2 斯特凡·巴列夫 2 李明 1 恩斯特·奥尔特豪斯 1 邦妮·伯杰 1 雅切克·Błażewicz 1 弗洛达斯，克里斯托杜洛斯·阿奇利乌斯 1 吉布拉特，J.F。 1 郭俊涛 1 金东燮 1 Klau，Gunnar W。 1 奥利弗·科尔巴赫 1 朱塞佩·G·兰西亚。 1 汉斯·彼得·伦霍夫 1 李国军 1 林国欣 1 刘志杰 1 彼得·乌卡西亚克 1 马斌 1 斯科特·麦卡利斯特。 1 梅西耶·米奥斯坦 1 克努特·雷内特 1 桑托斯，哈罗德·甘比尼 1 罗希特·辛格。 1 塞缪尔·索扎·布里托 1 Jean-Marc Steyaert 1 菲利普·韦伯 1 杰罗姆·沃尔迪普·赫尔 1 吴烈雨 1 徐，英 1 张凯忠 全部的 前5名10篇连载文章中引用 1 计算机与数学及其应用 1 离散应用数学 1 理论计算机科学 1 算法 1 计算机与运筹学 1 运筹学年鉴 1 计算优化与应用 1 信息计算杂志 1 组合优化期刊 1 算法 在4个字段中引用 11 生物学和其他自然科学（92-XX） 10 运筹学、数学规划（90-XX） 三 计算机科学（68至XX） 2 组合数学（05-XX） 按年份列出的引文