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LINCS系统

swMATH ID: 8880
软件作者: 赫斯,B。;Bekker,H。;Berendsen,H.J.C。;Fraaije,J.G.E.M
描述: LINCS:用于分子模拟的线性约束求解器。在本章中,我们提出了一种新的LINear约束求解器(LINCS),用于具有键约束的分子模拟。该算法本质上是稳定的,因为约束本身被重置,而不是约束的导数,从而消除了漂移。尽管该算法的推导是以矩阵的形式给出的,但不需要矩阵矩阵乘法,只需存储非零矩阵元素,因此该方法适用于非常大的分子。在相同的精度下,LINCS算法比SHAKE算法快3到4倍。算法的并行化很简单。
主页: 网址:http://www.cs.rug.nl/~bekker/publications/lincs.pdf
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引用于: 22文件

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