迪安娜

扭角动力学计算中构象空间的抽样。用直角坐标系代替扭转角动力学进行分子动力学模拟。结合模拟退火的TAD算法是从NMR数据计算蛋白质三维结构的常用方法之一。本文系统地研究了用DYANA程序实现的TAD算法对蛋白质结构计算中构象空间的抽样问题,并与CNS程序中不同TAD算法的结果进行了比较。所用的例子是长度为20到100个残基的无限制聚丙氨酸肽和球状蛋白触角蛋白(C39S)同源结构域,该结构域由两个链末端的非结构多肽段组成,并由一个高质量的实验NMR数据集计算得出。结果表明,TAD的不同实现方式都具有良好的采样特性,可用于计算受实验核磁共振数据约束的蛋白质结构。然而,如果将TAD用于长的无约束多肽的研究,本文的结果表明分子需要在空间中自由地重新定向,并且系统的总角动量和线动量是守恒的,并且周期性地重置为零。


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