地雷

minet:一种利用相互信息推断大转录网络的R/Bioconductor包。结果:本文介绍了R/Bioconductor软件包minet(1.1.6版),它提供了一组从数据集推断相互信息网络的功能。一旦输入微阵列数据集,该软件包返回一个网络,其中节点表示基因,边缘模型基因之间的统计依赖性,边缘的权重量化特定(例如转录)基因相互作用的统计证据。在minet包中有四种不同的熵估计量(经验的、Miller-Madow、Schurmann-Grassberger和shrink)以及四种不同的推理方法,即关联网络、ARACNE、CLR和MRNET。此外,该软件包还集成了精度评估工具,如F分数、PR曲线和ROC曲线,以便将推断的网络与参考网络进行比较。结论:minet软件包为从微阵列数据推断转录网络提供了一系列工具。它可以从综合档案网络(CRAN)和Bioconductor网站免费获得。