MIBPB公司 swMATH ID: 8106 软件作者： 段晨；詹晨；陈长军；耿伟华；郭伟伟 描述： MIBPB：静电分析软件包。泊松-玻尔兹曼方程（PBE）是生物分子静电分析的既定模型。在过去二十年中，发展先进的计算技术来求解PBE一直是一个重要的课题。本文介绍了一个基于匹配接口和边界（MIB）的PBE软件包，即MIBPB解算器，用于静电分析。MIBPB有一个独特的特点，它是第一个基于界面技术的PBE求解器，能够在生物分子和溶剂之间的介电界面上严格执行溶液和通量连续性条件。对于可能具有麻烦的几何奇异性的蛋白质分子表面，MIB方案使MIBPB成为目前唯一能够实现二阶收敛的PBE解算器，也就是说，当网格大小减半时，精度提高了四倍。MIBPB方法还配备了Dirichlet-to-Neumann映射技术，该技术构建了一种格林函数方法来解析生物分子中的奇异电荷分布，以便在粗到1º的网格上获得可靠的解，而通常需要其他传统PB解算器0.25º才能达到类似的水平可靠性。这项工作通过使用Krylov子空间（KS）技术进一步加快了由MIBPB生成的线性方程组的收敛速度。通过使用适当的KS解算器和预条件器组合，MIBPB矩阵的条件数显著减少。MIBPB封装中的线性和非线性PBE溶剂分别通过蛋白质-溶剂溶剂化能计算和盐对蛋白质-蛋白质结合能的影响分析进行测试。©2010威利期刊公司计算机化学杂志，2011 主页： 网址：http://www.math.msu.edu/~wei/MIBPB/ 相关软件： APBS公司;禁忌;产品开发B2PQR;TABI公司;查姆;PBEQ解决方案;TMSmesh公司;AFMPB公司;IIMPACK公司;SDPBS系统;DelPhi Web服务器;德尔菲;UHBD公司;FEniCS公司;SMPBS公司;Apbsmem公司;PETSc公司;琥珀色;德尔菲普卡;新加坡 引用于： 62文件 全部的 前5名被100位作者引用 20 魏国伟 12 赵珊 11 夏，科林 9 耿伟华 8 陈，段 5 埃米尔·阿列克索夫 5 陈，战 5 谢德轩 4 穆林 4 英金勇 三 陈家辉 三 王宝 三 王俊平 三 詹孟 三 郑琼 2 内森·贝克（Nathan A.Baker）。 2 伊根，拉斐尔 2 福雷德里克·吉布 2 胡京珍 2 胡朗华 2 罗伯特·克拉斯尼 2 卢、本佐 2 童一英 2 谢克·艾哈迈德·乌拉 2 王思文 2 叶秀 1 穆斯塔法阿巴斯扎德 1 Jaydeep P.巴丹。 1 丹尼尔·博奇科夫 1 仓、子轩 1 曹外香 1 曹、尹 1 陈黄鑫 1 陈龙 1 陈敏洪 1 罗奇什努·乔杜里 1 Oleg V.达维多夫。 1 杰克逊·德彪尔 1 Dehghan Takht Fooladi，迈赫迪 1 邓伟山 1 窦唯 1 冯鑫 1 韩一辉 1 塔尼亚哈兹拉 1 侯松明 1 伊贾奥多罗、伊多武·埃丝特 1 费罗什·雅各布 1 姜毅 1 赵光云 1 克奈普利，Matthew G。 1 阿米莉亚·克雷恩坎普。 1 邝颖 1 夸克，杜扬 1 Kwon，In-Hyuk（音） 1 阿鲁姆·李 1 李川 1 李、焦 1 李，林 1 刘凯芳 1 Liu，Lucy Y。 1 伊冯·玛代 1 西尔维奥·马约洛 1 马克·麦高文 1 蒙娜·明卡拉。 1 德雷克·涅泽尔斯基 1 克里斯托弗·欧普隆 1 玛哈丽塔·佩图赫 1 权、潮余 1 Radhakrishnan，Mala L。 1 任奎 1 沃尔特·罗基亚 1 曼苏尔州萨法普尔 1 苏布拉·萨卡尔 1 邵元珍 1 史立伟 1 宋伦吉 1 本杰明·斯坦姆 1 托马斯·劳伦斯·斯特林 1 蔡延熙 1 万德成 1 王春梅 1 王梦伦 1 王小平 1 魏华义 1 文，敏 1 莱顿·威尔逊 1 肖恩·威瑟姆 1 吴克迪 1 谢小平 1 谢，杨 1 徐，金 1 杨思阳 1 于泽云 1 张波 1 张杰 1 张平 1 赵润东 1 马克西姆·齐诺夫斯基 1 钟一民 1 周生高 全部的 前5名20篇连载文章中引用 25 计算物理杂志 7 基于分子的数学生物学 5 计算与应用数学杂志 三 数学生物学公报 三 计算物理学中的通信 2 计算机物理通信 2 数学生物学杂志 2 应用数值数学 2 国际生物医学工程数值方法杂志 1 计算机与数学及其应用 1 应用力学与工程中的计算机方法 1 应用数学与计算 1 科学计算杂志 1 应用数学建模 1 SIAM审查 1 SIAM科学计算杂志 1 信息与系统通信 1 国际数值分析与建模杂志 1 应用数学与力学进展 1 计算和数学生物物理 全部的 前5名在12个字段中引用 40 数值分析（65-XX） 34 生物学和其他自然科学（92-XX） 29 偏微分方程（35-XX） 10 光学、电磁理论（78-XX） 4 计算机科学（68至XX） 4 可变形固体力学（74-XX） 2 差速器几何结构（53至XX） 2 量子理论（81-XX） 2 统计力学，物质结构（82-XX） 1 代数拓扑（55-XX） 1 系统论；控制（93至XX） 1 信息与通信理论、电路（94-XX） 按年份列出的引文