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barnase与barstar扩散缔合的模拟。蛋白质结合速率对蛋白质相互作用的反应时间有一个上限,在某些情况下,反应时间是可以被扩散控制的。对模型蛋白质的模拟表明,在没有长程作用力的情况下,扩散限制的结合速率大约为10(6)-10(7)M-1s-1(Northrup,s.H.,和H.P.Erickson)。1992蛋白质-蛋白质结合动力学的计算机模拟。程序。自然。阿卡德。科学。U、 美国宪法89:3338–3342)。在50 mM离子强度下,barnase和barstar的缔合率为10(8)-10(9)M-1s-1,并取决于离子强度(Schreiber,G.和A.R.Fersht。1996快速的,静电辅助的蛋白质结合。纳特。结构。生物。3: 这意味着它们的结合是静电促进的。我们报道了用布朗动力学模拟barnase和barstar的扩散缔合,以计算结合率及其对离子强度和蛋白质突变的依赖性。对于重现实验速率的能力至关重要的是在扩散运动的终点处定义遇到复杂的地层。简单的定义,比如到完全结合位置所需的均方根(RMS)距离,无法解释某些突变对关联率的巨大影响。如果遇到复合物的形成需要满足两个分子间残基接触,则可以获得与实验很好的一致性。在遭遇复合体中,barstar倾向于从它在束缚复合体中的位置移向barnase上的鸟嘌呤结合环。