SDA公司 swMATH ID: 8089 软件作者: R.R.Gabdouline;R.C.韦德 描述: barnase和barstar扩散关联的模拟。由于蛋白质相互作用,蛋白质结合率对响应时间设定了上限,在某些情况下,这种作用可以通过扩散控制。模型蛋白的模拟表明,在没有长程作用力的情况下,扩散限制关联率约为10(6)-10(7)M-1 s-1(Northrup,s.H.和H.P.Erickson,1992)。布朗动力学计算机模拟解释的蛋白质关联动力学。程序。国家。阿卡德。科学。美国89:3338–3342)。在50 mM离子强度下,测定的barnase和barstar的结合率为10(8)-10(9)M-1 s-1,并取决于离子强度(Schreiber,G.和A.R.Fersht.1996)。蛋白质的快速静电辅助结合。自然结构。生物学3:427-431),这意味着它们的联系是通过静电促进的。我们报道了barnase和barstar扩散关联的布朗动力学模拟,以计算关联率及其对离子强度和蛋白质突变的依赖性。对再现实验速率的能力至关重要的是在扩散运动终点处遇到复杂结构的定义。简单的定义,如到完全绑定位置的所需均方根(RMS)距离,无法解释某些突变对关联率的巨大影响。如果遇到络合物形成需要满足两个分子间残基接触,则可以获得与实验很好的一致性。在遭遇复合体中,barstar倾向于从其在结合复合体中的位置转移到barnase上的鸟嘌呤结合环。 主页: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006349597788386 相关软件: 供应商管理部;APBS公司;NAMD公司;Fastcap公司;FFTSVD公司;宠物FMM;查姆;CUDA公司;OCaml公司;UHBD公司;Macrodox公司;棕色染料 引用于: 4文件 全部的 前5名12位作者引用 1 罗伦娜·巴巴。 1 Jaydeep P.巴丹。 1 卡利扬·巴苏 1 奥利维·辛昆 1 达斯,萨哈尔·库马尔 1 普雷塔姆·戈什 1 萨米克·戈什 1 津桥滨田 1 加里·胡贝尔(Gary A.Huber)。 1 马修·克内普利。 1 J.Andrew McCammon 1 里约横田 引用于2个系列 2 计算机物理通信 1 理论生物学杂志 在3个字段中引用 三 生物学和其他自然科学(92-XX) 1 光学、电磁理论(78-XX) 1 统计力学,物质结构(82-XX) 按年份列出的引文