tRNAscan SE公司

tRNAscan-SE:一个改进基因组序列中转移RNA基因检测的程序。我们描述了一个名为tRNAscan SE的程序,它可以识别DNA序列中99-100%的转移RNA基因,同时每15千兆碱基给出的假阳性率不到一个。两个先前描述的tRNA检测程序被用作快速的、第一次通过的预滤波器来识别候选tRNA,然后用一个高度选择性的tRNA协方差模型对其进行分析。这项工作代表了RNA协方差模型的一个实际应用,它是基于随机上下文无关文法的一般概率二级结构轮廓。tRNAscan SE的搜索速度为30 000 bp/s。tRNAscan SE的附加扩展可检测到异常的tRNA同源物,如硒代半胱氨酸tRNAs、tRNA衍生的重复元件和tRNA伪基因。


数学参考文献

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