×

E电池

swMATH标识: 7917
软件作者: M Tomita,K Hashimoto,K Takahashi,T S Shimizu,Y Matsuzaki,F Miyoshi,K Saito S Tanida,K Yugi,J C Venter;C A和记黄埔
说明: E-CELL:全细胞模拟的软件环境。动机:基因组测序计划和对完整基因集的进一步系统功能分析正在为各种模式生物产生前所未有的大量分子信息。这为我们提供了一个细胞的详细描述,我们可以用它来建立模拟细胞内分子过程的模型来预测活细胞的动态行为。以前在生化和遗传模拟方面的工作已经分离出了特征性很好的通路来进行详细的分析,但是构建包含基因调控、代谢和信号转导的细胞综合模型的方法还没有建立起来。因此,我们的动机是开发一个软件环境来建立基于基因集的综合模型,并运行模拟来进行实验。结果:E-CELL是一个用于生化和遗传过程的建模和仿真环境。E-CELL系统允许用户定义蛋白质的功能、蛋白质-蛋白质相互作用、蛋白质-DNA相互作用、基因表达调控和细胞代谢的其他特征,作为一套反应规则。E-CELL通过数值积分这些反应规则中隐含的微分方程来模拟细胞行为。用户可以通过电脑显示器观察细胞内蛋白质、蛋白质复合物和其他化合物浓度的动态变化。利用这个软件,我们构建了一个假设细胞模型,其中只有127个基因足以进行转录、翻译、能量生产和磷脂合成。这些基因大部分来自已知染色体最小的生殖支原体,其完整的580kb基因组序列于1995年在TIGR上确定。我们将讨论E细胞系统在基因组工程方面的未来应用。可用性:E-CELL软件可根据要求提供。补充信息:可通过我们的网站获取开发的带有动力学参数的细胞模型的完整规则列表:http://e-cell.org/。
主页: http://www.e-cell.org/
相关软件: 格帕西;小桶;虚拟单元;流氓;科帕西;麦克尔;梅格;揭示;路径2模型;索斯里布;莱西;BioPreDyn长凳;;sgnesR公司;根格;SGN Sim卡;因塔纳;科普拉纳;IntScore公司;罪恶
引用于: 18种出版物
其他出版物: http://www.e-cell.org/publications/
全部的 前5名

被64位作者引用

帕尔森,伯恩哈德。
2 海纳,莫妮卡
2 科赫,印第安纳州
1 亚历曼·梅扎,博纳杰斯
1 艾伦,蒂莫西E。
1 阿鲁菲彭蒂尼,菲利波
1 阿诺德,乔纳森
1 阿萨拉夫,耶胡达·G。
1 巴尔达奇诺,G。
1 伯纳尔,米格尔·安吉尔
1 陈明
1 周国臣
1 隐蔽,马库斯W。
1 大卫科娃,M。
1 德方佐,V。
1 德拉佐,毛里西奥J。
1 丁永胜
1 弗朗西斯,Z。
1 弗里德兰,W。
1 哈里哈拉普特兰,斯里达尔
1 霍菲斯特,拉尔夫
1 Huynh Thu,V'n Anh
1 伊兰,伊夫根
1 因瑟蒂,塞巴斯蒂安
1 伊万琴科,A。
1 伊万琴科。
1 乔克,天主教徒M。
1 凯德瑞,威斯康星州。
1 卡拉米特罗斯,M。
1 卡西米苏利娅,佐伊
1 Klingmüller,乌苏拉
1 本杰明·科梅尔
1 穆勒,T.G。
1 尼米尼姆,P。
1 奥托列娃,彼得J。
1 爸爸,杰森A。
1 帕里斯,瓦莱里奥
1 品特,罗恩·耶尔
1 波波娃·泽格曼,卢奇卡
1 普莱斯,内森·D。
1 钱,红
1 里德,詹妮弗L。
1 任丽红
1 桑德拉,O。
1 桑吉内蒂,吉多
1 桑汀,加布里埃尔
1 舒特勒,海因茨·伯恩德
1 沙沙,丹尼斯E。
1 沈一珍
1 斯诺普,杰克L。
1 什特ěpán,Vojtěch
1 斯瓦米,我。
1 塔哈,蒂亚布。
1 泰勒,威廉R。
1 提莫,詹斯
1 托沃宁,汉努T.T。
1 特雷尔,简
1 王,詹森·宗丽
1 魏茨克,伊丽莎白L。
1 韦斯特霍夫,汉斯五世。
1 威巴克,莎伦J。
1 沃特·C.A.维恩加德斯。
1 于一海
1 扎基,穆罕默德·贾维德

按年份列出的引文