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斯帕盖迪

swMATH标识: 7534
软件作者: 奥利维尔·哈代;泽维尔·维克曼
说明: SPAGeDi(遗传多样性的空间模式分析)是一个计算机软件包,主要用于利用任何倍性水平的基因型数据来描述作图个体和/或作图群体的空间遗传结构。它可以通过两两比较来计算描述个体或群体之间关系或分化的各种统计数据,并以类似于空间自相关分析的方式分析这些值与地理距离(1°)的关系,2°)通过线性回归(这些回归的斜率可用于获得基因扩散距离参数(如邻域大小)的间接估计。SPAGeDi还可以处理没有空间信息的数据,提供遗传分化的全局估计值和/或个体或群体间成对统计矩阵。来自优势标记如AFLP或RAPD的数据也可以用来估计个体之间的成对亲属关系或关系系数(Hardy 2003 ME.pdf)。计算的统计数据包括Fst、Rst、Nst、Ds(Nei的标准遗传距离)和(Goldstein和Pollok 1997)2(Goldstein和Pollok,1997年),用于分析群体水平和成对亲属关系,相关系数和博爱系数(每种系数都有不同的估计值)以及基于等位基因大小的个体和亲属关系类似物之间的Rousset距离。轨迹上的刀切给出了近似的标准误差。位置、个体或基因的排列分别提供了空间结构、种群分化或近亲繁殖的特殊测试。一项新的等位基因大小排列测试也允许检查微卫星等位基因大小是否携带有关遗传结构的信息(Hardy&al.2003 Genetics.pdf)。此外,统计数据的实际方差可以按照Ritland(2000)的方法进行估计,为基于标记推断数量性状的遗传力或Qst提供了必要的手段。
主页: http://ebe.ulb.ac.be/ebe/SPAGeDi.html
相关软件: 斯帕耶斯;pyuvdata公司;英拉;GMRFLib公司;温伯格;斯帕斯塔特;R;结构
参考文献: 2个出版物

按年份引用出版物