凯格图

KEGGgraph:R和bioconductor中KEGG通路的一种图解方法。动机:KEGG路径是京都基因和基因组百科全书(KEGG)的一项服务,构建手动绘制的路径图,以图形模型表示生物网络的当前知识。虽然R/Bioconductor中已经实现了有价值的图形工具,但据我们所知,目前还没有一个软件包可以用图论来解析和分析KEGG路径。结果:我们介绍了R和Bioconductor中的KEGGgraph软件包,KEGG路径和图形模型之间的接口,以及这些图形的工具集。进一步分析现有的路径图或路径图,以获取更高级的路径图。我们通过分析人类胰腺癌途径的案例研究来说明该软件包的使用。