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宇宙

swMATH ID: 6106
软件作者: Oliver Bembom、Fabian Gallusser和Sandrine Dudoit
描述: 监督检测DNA序列中的保守基序。cosmo搜索一组未对齐的DNA序列,寻找一个共享的基序,例如,该基序可能代表一个共同的转录因子结合位点。该算法类似于MEME,但也允许用户指定未知模体的位置权重矩阵必须满足的一组约束。例如,此类约束可能包括未知基序特定区域的信息内容边界,并且通常可以基于有关所述转录因子结构的先验知识来制定。未知的模体宽度、模体出现的分布(OOPS、ZOOPS或TCM)以及适当的约束集可以通过数据自适应选择。
主页: http://www.bioconductor.org/packages/2.10/bioc/html/cosmo.html
依赖项: R(右)
相关软件: GASpAR公司;DUNE公司;METIS公司;MM5公司;ExnerFOAM公司;DYNAMICO公司;阿罗梅;阿勒丁-NH;阿佩格;尼加拉瓜;MMesh3D;菲姆;ASAM公司;美洲狮;EULAG公司;等视力;阿利亚;刻痕;佐尔坦;PT-Scotch公司
引用于: 3文件

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