宇宙 swMATH ID: 6106 软件作者: Oliver Bembom、Fabian Gallusser和Sandrine Dudoit 描述: 监督检测DNA序列中的保守基序。cosmo搜索一组未对齐的DNA序列,寻找一个共享的基序,例如,该基序可能代表一个共同的转录因子结合位点。该算法类似于MEME,但也允许用户指定未知模体的位置权重矩阵必须满足的一组约束。例如,此类约束可能包括未知基序特定区域的信息内容边界,并且通常可以基于有关所述转录因子结构的先验知识来制定。未知的模体宽度、模体出现的分布(OOPS、ZOOPS或TCM)以及适当的约束集可以通过数据自适应选择。 主页: http://www.bioconductor.org/packages/2.10/bioc/html/cosmo.html 依赖项: R(右) 相关软件: GASpAR公司;DUNE公司;METIS公司;MM5公司;ExnerFOAM公司;DYNAMICO公司;阿罗梅;阿勒丁-NH;阿佩格;尼加拉瓜;MMesh3D;菲姆;ASAM公司;美洲狮;EULAG公司;等视力;阿利亚;刻痕;佐尔坦;PT-Scotch公司 引用于: 3文件 标准条款 1出版物描述软件,包括1出版物以zbMATH为单位 年份 用cosmo监督检测DNA序列中的保守基序。 Zbl 1166.92304号奥利弗·本博姆;Sunduz Keles公司;范德拉恩(Mark J.Van der Laan)。 2007 全部的 前5名11位作者引用 2 弗朗西斯·吉拉尔多。 2 米查尔·科佩拉。 1 奥利弗·本博姆 1 纪尧姆·胡泽奥 1 奥利奥尔·乔尔巴 1 Sunduz Keles公司 1 詹姆斯·凯利。 1 西蒙·马拉斯 1 玛格丽达·莫拉格 1 范德拉恩,马克·约翰内斯 1 玛丽亚诺·巴斯克斯 3篇连载文章中引用 1 计算物理杂志 1 工程计算方法档案 1 遗传学和分子生物学中的统计应用 在5个字段中引用 2 数值分析(65-XX) 2 流体力学(76-XX) 2 地球物理学(86-XX) 1 统计学(62-XX) 1 生物学和其他自然科学(92-XX) 按年份列出的引文