暮光

在一个典型的微阵列设置中,在两种条件下观察到基因表达数据,局部错误发现率描述了给定相应的观察分数或p值水平的基因在两种情况下没有差异表达的概率。由此得出的p值与局部错误发现率的曲线,为明确区分基因表达和明确非差异基因表达之间的模糊地带提供了一个视角。Twillight包包含两个主要函数:函数twilight.pval对给定输入矩阵或表达式集的均值差异执行两个条件的测试,并计算基于置换的p值。函数twilight执行随机下坡搜索以估计局部错误发现率和效果大小分布。该包还提供了过滤正确描述空分布的置换的方法。使用过滤排列,可以减少隐藏的混杂因素的影响