MDVRY公司 swMATH ID: 566 软件作者： M.Souaille、H.Loirat、D.Borgis、M.P.Gaigeot 描述： MDVRY经典分子动力学软件包用于气相和液相生物分子的研究。静电极化是在遵循Thole模型的点激发偶极子形式中实现的。已经实现了两种方案来计算诱导偶极子，即自洽方程的求解和“Car-Parrinello”动力学方法。在后者中，通过与偶极子相关的附加自由度动力学，在动力学的每个时间步长计算感应偶极子。这种方法节省了计算机时间，并允许以极低的CPU成本研究极化的溶剂化蛋白质。该程序是用C语言编写的，并在LINUX机器上运行。给出了代码的详细手册。以处于气相或浸没在液态水中的蛋白质为例说明了包装的主要特征。 主页： http://cpc.cs.qub.ac.uk/summaries/AEBY_v1_0.html 编程语言： C类 操作系统： Linux、SUSE、RedHat 关键词： 分子动力学;静电学;极化;感应点偶极子;索勒;Car Parrinello型动力学;生物分子 相关软件： MCMC2型;GROMOS公司 引用于： 2文件 标准条款 1出版物描述软件，包括1出版物以zbMATH为单位 年份 MDVRY：生物分子的极化经典分子动力学包。 Zbl 1198.82058号苏亚尔，M。;Loirat，H。;博吉斯，D。;Gaigeot，M.P.（医学博士）。 2009 5位作者引用 2 玛丽·皮埃尔·盖吉奥 1 David A.Bonhommeau。 1 丹尼尔·博吉斯 1 Loirat，H。 1 马克·苏埃勒 连载1篇 2 计算机物理通信 全部的 前5名在6个字段中引用 1 数值分析（65-XX） 1 流体力学（76-XX） 1 光学、电磁理论（78-XX） 1 经典热力学，传热（80-XX） 1 统计力学，物质结构（82-XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文