KINSOLVER公司 swMATH ID: 488 软件作者： 阿莱曼·梅萨（Aleman-Meza），布讷尔赫斯（Boanerges）；余一海；海因茨·伯恩德·巴特勒（Sch \'uttler，Heinz-Bernd）；乔纳森·阿诺德（Arnold，Jonathan）；塔哈（Taha，Thiab R.）。 描述： 随着许多基因组序列的可用，功能基因组学的主要挑战是“重组片段”。生物系统的一个功能观点是作为化学反应网络，新的基因组学技术，如RNA和蛋白质分析，正在提供测量这些网络状态的方法。这里的目标是能够模拟假设的生化和遗传调控网络的任意集合，以预测细胞正在做什么，即计算生命，以便将这些预测与系统的观察状态进行比较。模拟器KINSOLVER通过5种标准方法（Euler、修改的Euler、Runge-Kutta（RK）、自适应RK-Fehlberg和LSODES）求解化学反应网络，满足任意大小、拓扑、速率常数和初始条件的标准乘性质量作用动力学。模拟器包括一个简单的基于Web的界面，用于指定和细化目标反应网络，以及表示网络行为的可视化工具。经验证，该模拟器在数秒内快速解决了一些经典的生物电路，如（lac）操纵子和（qa）基因簇，以及具有振荡行为的新电路，阻遏物。LSODES方法以0.01的相对较大的误差容限和1E-6的较小误差容限一致地优于其他方法。模拟器以几乎独立于平台的方式编写，以模拟大型模型集合，并具有基于Web的界面，通过在后端使用Java和C++与模拟器交互。可以从以下位置下载软件http://webster.cs.uga.edu/~博纳格/曼斯或http://gene.genetics.uga.edu/stc. 主页： http://gene.genetics.uga.edu/stc/ 关键词： 遗传网络；化学反应网络；阻遏物；模型集合；计算寿命 相关软件： 虚拟单元格；Jig单元格；YSMP公司；MEG公司；股票；元模型；ODEPACK代码包；电子电话；GEPASI公司；SCAMP公司；智能发电机；J3DV公司 引用于： 1文件 标准条款 1出版物描述软件，包括1出版物以zbMATH为单位 年份 KINSOLVER：用于计算生物化学和基因调控网络的大型集合的模拟器。 Zbl 1165.92011年阿莱曼·梅萨（Aleman Meza），布讷赫斯（Boanerges）；于一海；海因茨-伯恩德Schüttler；乔纳森·阿诺德；Thiab R.塔哈。 2009 5位作者引用 1 阿莱曼·梅萨（Aleman Meza），布讷赫斯（Boanerges） 1 乔纳森·阿诺德 1 海因茨-伯恩德Schüttler 1 Thiab R.塔哈。 1 于一海 连载1篇 1 计算机与数学及其应用 在1个字段中引用 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文