GBSA公司 swMATH ID: 43061 软件作者: Benoukraf,T。;Wongphayak,S。;哈迪,L.H。;吴,M。;宋楚瑜。 描述: GBSA:分析全基因组亚硫酸氢盐测序数据的综合软件。高通量测序越来越多地被用于结合亚硫酸氢盐(BS)分析来研究核苷酸分辨率下的DNA甲基化。尽管有几个项目提供了BS处理读数的全基因组比对,但由此产生的信息不容易解释,通常需要进一步的生物信息学步骤才能进行有意义的分析。当前的BS-比对后测序程序通常侧重于基因特异性水平,当需要对非编码区(如增强子和基因间microRNA)进行分析时,这是一个限制性特征。这里,我们介绍了基因组亚硫酸氢盐测序分析仪(GBSA-http://ctrad-csi.nus.edu.sg/gbsa),一个免费的开源软件,能够分析全基因组亚硫酸氢盐测序数据,以基因为中心或基因依赖为重点。通过分析迄今为止最大的已发表数据集,我们展示了GBSA在提供测序质量评估、甲基化评分、功能数据管理和核苷酸解析时基因组甲基化可视化方面的特点。此外,我们表明GBSA的输出可以很容易地与其他高通量测序数据集成,如RNA-Seq或ChIP-Seq,以阐明甲基化基因间区域在基因调控中的作用。从本质上讲,GBSA使研究人员不仅可以探索已知的基因座,还可以探索所有的基因组区域,甲基化研究可能会发现新的调控机制 主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3575794/ 相关软件: B光滑;甲基Sig;米菲;fda(右);生物导体;Matlab语言 引用于: 2文件 全部的 前5名9位作者引用 1 Varghese T.乔治。 1 穆罕默德·米拉德 1 盖拉·奥尔布里希特(Gayla R.Olbricht)。 1 罗伯特·H·波多尔斯基。 1 柳,杜川 1 施惠东 1 苏少勇 1 王晓玲 1 徐红艳 2篇连载文章中引用 1 应用统计学杂志 1 遗传学和分子生物学中的统计应用 在2个字段中引用 2 统计学(62-XX) 1 生物学和其他自然科学(92-XX) 按年份列出的引文