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GBSA公司

swMATH ID: 43061
软件作者: Benoukraf,T。;Wongphayak,S。;哈迪,L.H。;吴,M。;宋楚瑜。
描述: GBSA:分析全基因组亚硫酸氢盐测序数据的综合软件。高通量测序越来越多地被用于结合亚硫酸氢盐(BS)分析来研究核苷酸分辨率下的DNA甲基化。尽管有几个项目提供了BS处理读数的全基因组比对,但由此产生的信息不容易解释,通常需要进一步的生物信息学步骤才能进行有意义的分析。当前的BS-比对后测序程序通常侧重于基因特异性水平,当需要对非编码区(如增强子和基因间microRNA)进行分析时,这是一个限制性特征。这里,我们介绍了基因组亚硫酸氢盐测序分析仪(GBSA-http://ctrad-csi.nus.edu.sg/gbsa),一个免费的开源软件,能够分析全基因组亚硫酸氢盐测序数据,以基因为中心或基因依赖为重点。通过分析迄今为止最大的已发表数据集,我们展示了GBSA在提供测序质量评估、甲基化评分、功能数据管理和核苷酸解析时基因组甲基化可视化方面的特点。此外,我们表明GBSA的输出可以很容易地与其他高通量测序数据集成,如RNA-Seq或ChIP-Seq,以阐明甲基化基因间区域在基因调控中的作用。从本质上讲,GBSA使研究人员不仅可以探索已知的基因座,还可以探索所有的基因组区域,甲基化研究可能会发现新的调控机制
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3575794/
相关软件: B光滑;甲基Sig;米菲;fda(右);生物导体;Matlab语言
引用于: 2文件

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