MDiNE公司 swMATH ID: 42427 软件作者： McGregor，K。；拉比，A。；格林伍德，C.M。 描述： MDiNE：微生物组学研究中用于估计差异共现网络的模型。动机：人类微生物群是定植于人体的微生物的集合，在人类健康中起着不可或缺的作用。微生物组分析的一个发展趋势是通过精确矩阵构建网络来估计分类群之间的共现模式。现有的方法不利于调查这些网络如何相对于协变量发生变化。结果：我们提出了一种新的模型，称为微生物组差异网络估计（MDiNE），用于估计网络相对于二元协变量的变化。样本中单个分类群的计数通过多项式分布建模，其概率取决于潜在的高斯随机变量。覆盖所有潜在项的稀疏精度矩阵决定了分类群之间的共现网络。使用哈密顿蒙特卡罗方法获得并评估了模型拟合。通过广泛的仿真研究评估了我们模型的性能，结果表明，在网络参数估计方面，我们的模型优于现有方法。我们还演示了该模型的应用，以估计与克罗恩病相关的肠道微生物网络拓扑结构的变化。可用性和实施MDiNE在一个免费的R包中实现：https://github.com/kevinmcgregor/mdine。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7075537/ 源代码： https://github.com/kevinmcgregor/mdine网址 依赖项： R（右） 相关软件： g科达 引用于： 2文件 4位作者引用 1 爱荷华州埃博 1 梁万峰 1 马晓燕 1 吴越 2篇连载文章中引用 1 统计与概率信件 1 信息几何 在2个字段中引用 2 统计学（62-XX） 1 信息与通信理论、电路（94-XX） 按年份列出的引文